Vārds Protoplazma ir atvasināts no grieķu vārda “protos”, kas nozīmē pirmo un “plazma”, kas nozīmē “izveidotās lietas”. Protoplazma tiek uzskatīta par dzīves fizisko pamatu. Šūnas protoplazma sastāv no kodola, šūnas membrānas un citoplazmas. Tādējādi citoplazma ir šūnas protoplazmas sastāvdaļa. Citoplazma neatšķiras no protoplazmas, bet gan tās daļa. Citoplazma un protoplazma ir šūnu suspensijas un nodrošina vietu, kur notiek bioloģiski procesi. Protoplazmu no visām pusēm saista plazmas membrāna vai šūnas membrāna, turpretī citoplazma ir viela, kas atrodas šūnā ap kodolu.
Citoplazma sastāv no citosola, organellām un ieslēgumiem, turpretī protoplazma sastāv no citoplazmas, kodola un šūnu membrānas. Citoplazmas citosols sastāv no ūdens, sāļiem un organiskām molekulām. Organelles ir niecīgas orgāniem līdzīgas struktūras, kas atrodas šūnā ar iepriekš noteiktām un specifiskām funkcijām. Ieslēgumi ir nešķīstošas daļiņas, kas atrodas citoplazmā.
Protoplazma tiek uzskatīta par dzīvo vielu šūnā. Tā ir sarežģīta, caurspīdīga viela, kuras konsistence ir daļēji šķidra un sastāv galvenokārt no nukleīnskābēm, olbaltumvielām, lipīdiem, ogļhidrātiem un neorganiskiem sāļiem.
Galvenā atšķirība starp citoplazmu un protoplazmu ir tā, ka citoplazmai nav kodola, turpretim protoplazmai ir kodols, kas ir tās struktūra. Citoplazma ir protoplazmas organelle, kas galvenokārt sastāv no ūdens un citām vielām, piemēram, olbaltumvielām, pārtikas rezervēm un vielmaiņas atkritumiem.
Protoplazma ir viskoza, viskozā viela ar želejveidīgu konsistenci, kurā notiek daudzi bioloģiski un ķīmiski šūnu procesi. Organismos, kuros ir kodols, protoplazmu, kas ieskauj kodolu, sauc par citoplazmu. Visu šūnas saturu citoplazmā uzskata par prokariotiem (organismiem, kuriem nav kodola), turpretim eikariotu organismos kodolu saturošais šūnu saturs no citoplazmas tiek diferencēts ar noteiktu kodolenerģijas membrānu. Kodolā esošo saturu sauc par nukleoplazmu.
Neorganiskās vielas, kas veido protoplazmu, galvenokārt ir ūdens, minerālsāļi un gāzes.
Citoplazmā esošās organellas ir golgi ķermenis, mitohondriji, endoplazmas retikulums un ribosomas. Šīm organellām ir ļoti specifiskas un atšķirīgas funkcijas. Mitohondrijiem ir šūnu elpošanas funkcija, savukārt ribosomas darbojas kā olbaltumvielu sintēzes vietas. Citas svarīgas funkcijas, kas rodas citoplazmā, ir glikolīze un šūnu dalīšanās procesi. Protoplazma tiek uzskatīta arī par dzīvās šūnas daļu, jo visi svarīgi procesi, kas nepieciešami šūnas dzīvībai, notiek protoplazmā. Protoplazma arī piešķir organismam formu, jo tā ir caurspīdīga, viskozā un ūdeņainā viela. Dzīvā protoplazma reaģē uz stimuliem un atbrīvojas arī no ekskrēcijas līdzekļiem.
Atšķirība starp protoplazmu un citoplazmu ir ļoti maza. Protoplazma ir šūnas saturs, ieskaitot šūnas membrānu, citoplazmu un šūnas kodolu, turpretī citoplazma ir želejveida viela, kas ieskauj kodolu šūnas membrānā. Citoplazmā ir šūnu organelles, piemēram, mitohondriji, ribosomas utt. Prokariotos, kur nav precīzi definēta kodola, citoplazma darbojas arī kā nukleoplazma un satur hromatīnu.