Atšķirība starp BLAST un FastA

galvenā atšķirība starp BLAST un FastA ir tas BLAST ir pamata izlīdzināšanas rīks, kas pieejams Nacionālā biotehnoloģijas informācijas centra vietnē, savukārt FastA ir līdzības meklēšanas rīks, kas pieejams Eiropas Bioinformatikas institūta vietnē.

BLAST un FastA ir divas programmatūras, kuras plaši izmanto, lai salīdzinātu dažādu sugu DNS, aminoskābju, olbaltumvielu un nukleotīdu bioloģiskās secības un meklētu to līdzības. Šie algoritmi tika uzrakstīti, paturot prātā ātrumu. Tā kā, kad 80. gadu vidū zinātnieki spēja izolēt DNS laboratorijā, radās vajadzība salīdzināt un atrast identiskus gēnus turpmākiem pētījumiem lielā ātrumā. Tādējādi šie divi datorprogrammas tika izstrādāti tādā veidā, ka lietotājs var ātri meklēt līdzīgas secības ar savām vaicājumu sekvencēm.

BLAST ir saīsinājums no Pamata vietējās izlīdzināšanas meklēšanas rīks un izmanto lokalizētu pieeju, salīdzinot divas sekvences. FastA ir programmatūra, kas attiecas uz ātro A, kur A apzīmē visus. Šeit programmatūra darbojas ar tādiem alfabētiem kā Fast A DNS secībai un Fast P olbaltumvielām. Gan BLAST, gan FastA ļoti ātri salīdzina jebkuru genoma datu bāzi, tāpēc ir ļoti dzīvotspējīgi gan naudas izteiksmē, gan arī laika ietaupīšanai..

SATURS

1. Pārskats un galvenās atšķirības
2. Kas ir BLAST
3. Kas ir FastA
4. Līdzības starp BLAST un FastA
5. Salīdzinājums blakus - BLAST vs FastA tabulas formā
6. Kopsavilkums

Kas ir BLAST?

BLAST ir viena no visplašāk izmantotajām bioinformātikas programmatūrām, kas tika izstrādāta 1990. gadā. Kopš tā laika tā ir pieejama visiem NCBI vietnē. Turklāt jebkura persona var piekļūt šai programmatūrai un to izmantot. Turklāt BLAST ir programmatūra, kurai nepieciešami ievades dati vai sekvences FastA formātā. Bet tas dod izejas datus vienkārša teksta, HTML vai XML formātā. BLAST darbojas pēc principa, kurā tiek meklētas lokalizētas līdzības starp divām sekvencēm, un līdzīgu secību saraksts ir īss, un pēc tam tas meklē apkārtnes līdzības.

01. attēls: BLAST rezultāti

Tādējādi šī programmatūra meklē lielu skaitu līdzīgu vietējo reģionu un dod rezultātu, sasniedzot sliekšņa vērtību. Tomēr šis process atšķiras no iepriekšējās programmatūras, kas vispirms pārmeklē visu secību un pēc tam veic salīdzināšanu, un līdz ar to paņēma daudz laika.

Papildus iepriekšminētajai līdzības pārbaudei BLAST ir arī daudz citu lietojumu, piemēram, DNS kartēšana, divu identisku gēnu salīdzināšana dažādās sugās, filoģenētiskā koka izveidošana utt..

Kas ir FastA?

FastA ir olbaltumvielu secības izlīdzināšanas programmatūra. Deivids J. Lipmans un Viljams R. Pīrsons aprakstīja šo programmatūru 1985. gadā. Lai gan sākotnēji šī programmatūra tika izmantota, lai salīdzinātu tikai olbaltumvielu secības, tās modificētā versija spēja salīdzināt arī DNS sekvences. Šeit šī programmatūra izmanto principu, kā statistiski atrast līdzību starp divām sekvencēm. Tas sakrīt ar vienu DNS vai olbaltumvielu secību ar citu secību, izmantojot lokālās secības izlīdzināšanas metodi.

02 attēls: FastA

Tomēr tas meklē vietējos reģionus līdzībai, bet ne vislabākajai sakritībai starp divām sekvencēm. Tā kā šī programmatūra reizēm salīdzina lokalizētās līdzības, tā var nākt klajā arī ar neatbilstībām. Pēc kārtas FastA aizņem nelielu daļu, kas pazīstama kā k-tuples, kur tuples var būt no 1 līdz 6 un sakrīt ar otras kārtas k-tuples. Atbilstības procesa beigās, sasniedzot sliekšņa vērtību, tiek iegūts rezultāts.

Kādas ir līdzības starp BLAST un FastA?

• BLAST un FastA ir bioinformātikas rīki, ko izmanto, lai salīdzinātu olbaltumvielu un DNS sekvences līdzībām.
• Arī abas programmas izmanto vērtēšanas stratēģiju, lai salīdzinātu sekvences.
• Turklāt abi rīki dod ļoti precīzus rezultātus.

Kāda ir atšķirība starp BLAST un FastA?

BLAST ir līdzeklis, lai pārbaudītu bioloģisko secību līdzību. No otras puses, FastA ir vēl viena programma, kas atvieglo olbaltumvielu un DNS sekvenču līdzības pārbaudi. Tomēr, salīdzinot ar FastA, BLAST programmatūra ir ļoti populāra, jo tā dod precīzākus un ātrākus rezultātus. Tādējādi šī ir atšķirība starp BLAST un FastA. Turklāt atšķirībā no FastA programma BLAST ir modificējama atbilstoši lietotāja vajadzībām. Tāpēc šī ir vēl viena atšķirība starp BLAST un FastA.

Tālāk sniegtā informācija par atšķirībām starp BLAST un FastA sniedz sīkāku informāciju.

Kopsavilkums - BLAST vs FastA

BLAST un FastA ir divas programmas, kas ļauj lietotājam salīdzināt savu vaicājumu secību ar sekvencēm esošajās datu bāzēs un pārbaudīt līdzības. Sākotnējais FastA mērķis bija salīdzināt tikai olbaltumvielu secības. Tomēr šīs programmatūras modificētā versija atvieglo olbaltumvielu un DNS secību salīdzināšanu. Lai arī FastA ir laba programmatūra, vairums cilvēku izmanto izlīdzināšanas rīku BLAST, jo tas ir populārāks un sniedz precīzākus un ātrākus rezultātus nekā FastA. Arī BLAST rīks ir modificējams atbilstoši lietotāja prasībām. Īsumā tas apkopo atšķirību starp BLAST un FastA.

Atsauce:

1.Maddens, Tomass. “BLAST secības analīzes rīks.” Pašreizējie neiroloģijas un neirozinātnes ziņojumi., ASV Nacionālā medicīnas bibliotēka, 2013. gada 15. marts. Pieejams šeit 

Attēla pieklājība:

1. NCBI Blast “CCDC132 sprādziena rezultāti” - NCBI Blast, (Public Domain), izmantojot Commons Wikimedia  
2. “FAM149A atbalstītāja reģions (FASTA formāts)” Autors LarsonGCD - Savs darbs, (CC BY-SA 3.0), izmantojot Commons Wikimedia