Starpība starp DNS un RNS ekstrakciju

Galvenā atšķirība - DNS vs RNS ekstrakcija
 

DNS un RNS izpēte ir svarīgi aspekti, lai izprastu molekulārās bioloģijas, biotehnoloģijas un ģenētikas pamatjēdzienus. Tīru DNS un RNS paraugu ekstrakcija ir nepieciešama, lai šo pētījumu laikā veiktu eksperimentālās procedūras. Galvenā atšķirība starp DNS un RNS ekstrakciju ir tā DNS ekstrakcijas process attīra DNS, bet RNS ekstrakcija attīra RNS. DNS ekstrakcijas procesam ir trīs dažādi posmi: šūnu lizēšana un membrānu lipīdu un olbaltumvielu katabolisms, katabolītu salipšana ar koncentrētu sāls šķīdumu un DNS izgulsnēšana ar etanolu. Trīs soļu procedūra var sastāvēt no diviem izvēles posmiem. RNS attīrīšanas process sastāv no četriem dažādiem posmiem: guanidija tiocianāta pievienošana šūnu lizēšanai, olbaltumvielu denaturēšana, ieskaitot ribonukleāzes, RNS atdalīšana, pievienojot hloroformu un fenolu, un nogulsņu mazgāšana ar etanolu.

SATURS

1. Pārskats un galvenās atšķirības
2. Kas ir DNS ekstrakcija
3. Kas ir RNS ekstrakcija
4. Līdzības starp DNS un RNS ekstrakciju
5. Salīdzinājums blakus - DNS un RNS ekstrakcija tabulas formā
6. Kopsavilkums

Kas ir DNS ekstrakcija?

DNS ekstrakcija ir fizikāls un ķīmisks process, ko izmanto, lai attīrītu DNS no parauga. DNS ekstrakcija ir svarīgs aspekts molekulārās bioloģijas un tiesu medicīnas zinātņu kontekstā. Process notiek trīs pamatposmos. Sākumā jāiegūst interesējošās šūnas. Pēc tam tiek atvieglota šūnu lizēšana, lai izjauktu šūnu membrānu, kas atver šūnu un pakļauj citoplazmu kopā ar DNS. Virsmaktīvās vielas vai citus mazgāšanas līdzekļus var izmantot, lai no šūnu membrānas izskalotu lipīdus, kamēr esošās olbaltumvielas tiek katabolizētas ar proteāzēm. Šis ir izvēles solis. Kad šūna ir lizēta, katabolizēto molekulu salipšanu atvieglo koncentrēti sāls šķīdumi. Pēc tam centrifugē šķīdumu, kas atdala gružu salipumus no DNS. Šajā posmā diferencētā DNS tiek sajaukta ar reaģentiem un sāļiem, ko izmanto šūnu ciklā.

01. attēls: DNS ekstrakcija

Lai to tālāk attīrītu, var veikt šādas darbības. Viena no metodēm ir etanola izgulsnēšana, kas ietver ledus auksta etanola sajaukšanu ar atdalīto DNS paraugu. DNS nešķīst spirtā un tādējādi DNS granulu kopā veidošanās rezultātā iegūst granulu. Šajā procesā pievieno nātrija acetātu, lai palielinātu nokrišņu daudzumu, palielinot jonu stiprību. Papildus etanola izgulsnēšanas procesam to varētu izraisīt arī fenola-hloroforma ekstrakcijas process. Ar šo metodi fenols denaturē olbaltumvielas, kas atrodas paraugā. Pēc centrifugēšanas denaturētie proteīni paliks organiskajā fāzē, kamēr ūdens molekulā atradīsies DNS molekulas, kas sajauktas ar hloroformu. Hloroforma noņems fenola atlikumus. Kad ekstrakcija ir pabeigta, DNS turpina izšķīdināt TE buferšķīdumā vai īpaši tīrā ūdenī.

Kas ir RNS ekstrakcija?

RNS attīrīšana ir process, kurā RNS tiek attīrīts no bioloģiskā parauga. Sakarā ar ribonukleāzes klātbūtni šūnās un audos, šis process ir sarežģīts. Ribonukleāzes fermentam ir spēja ātri noārdīt RNS. Ribonukleāžu ķīmiskā daba ir ārkārtīgi stabila, un ir grūti tās inaktivizēt. Ribonukleāžu neitralizēšana ir viena no iespējām. Tā kā šis enzīms ir visuresošs šūnās un audos, RNS ekstrahēšanai tiek izstrādātas īpašas metodes. No daudzajām metodēm izplatītā metode ir guanidīnija tiocianāta-fenola-hloroforma ekstrakcija.

02 attēls: RNS ekstrakcija

Guanidīnija tiocianāta-fenola-hloroforma ekstrakcijas metode ir atkarīga no centrifugēšanas un fāzu atdalīšanas. Centrifugējamais maisījums sastāv no ūdens parauga un ar ūdeni piesātināta šķīduma, kas sastāv no fenola un hloroforma. Pēc centrifugēšanas šķīdums sastāv no augšējās ūdens fāzes un apakšējās organiskās fāzes neitrālos pH apstākļos (pH 7-8). RNS atrodas ūdens fāzē. Organiskajā fāzē parasti ir olbaltumvielas, kas izšķīdinātas fenolā, un lipīdi, kas izšķīdināti hloroformā. Pievieno haotropo aģentu (molekulu, kurai piemīt spēja sadalīt ūdeņraža saites starp ūdens molekulām); to sauc par guanidīnija tiocianātu. Šis līdzeklis spēj denaturēt olbaltumvielas, kas ietver ribonukleāzes, kas var noārdīt RNS un ir iesaistītas šūnu lizēšanā. Tas arī atdala rRNS no ribosomu olbaltumvielām. Pēdējais RNS attīrīšanas posms ir ūdens fāzes nogulsnes mazgāšana ar etanolu. RNS var arī attīrīt, izmantojot šķidru slāpekli.

Kādas ir līdzības starp DNS un RNS ekstrakciju?

• Abos ekstrakcijas procesos izmanto kaitīgas ķīmiskas vielas, piemēram, fenolu un hloroformu.
• Centrifugēšana ir būtisks paņēmiens abiem procesiem.
• Etanolu izmanto, lai mazgātu nogulsnes un iegūtu attīrītu DNS vai RNS.

Kāda ir atšķirība starp DNS un RNS ekstrakciju?

DNS vs RNS ekstrakcija
DNS ekstrakcija ir process, kura laikā DNS iegūst no organisma vai parauga.	RNS ekstrakcija ir process, kurā RNS ekstrahē no parauga.
Pakāpieni
DNS ekstrakcijas process sastāv no trim dažādām darbībām ar divām izvēles posmiem.	RNS ekstrakcijas process sastāv no četriem dažādiem posmiem.
Reaģenti
DNS ekstrahēšanai izmanto virsmaktīvās vielas, proteāzes (pēc izvēles), spirtu, hloroformu, fenolu, nātrija acetātu.	RNS ekstrahēšanai izmanto guvanidija tiocianātu, hloroformu, fenolu, etanolu.

Kopsavilkums - DNS vs RNS ekstrakcija

DNS un RNS ekstrakcija ir svarīgi aspekti eksperimentālajās procedūrās molekulārās bioloģijas, ģenētikas un biotehnoloģijas izpētei. Abos procesos tiek iesaistīti līdzīgi reaģenti, bet RNS ekstrahēšanā tiek izmantots īpašs reaģents, kas pazīstams kā Guanidium tiocianāts un kas samazina ribonukleāžu aktivitāti. Šī ir galvenā atšķirība starp DNS un RNS ekstrakciju.

Lejupielādējiet DNS vs RNS ekstrakcijas PDF versiju

Varat lejupielādēt šī raksta PDF versiju un izmantot to bezsaistes vajadzībām, kā norādīts citēšanas piezīmē. Lūdzu, lejupielādējiet šeit PDF versiju. Starpība starp DNS un RNS ekstrakciju

Atsauce:

1. Chomczynski, P un N Sacchi. "RNS izolēšanas vienpakāpju metode ar skābes guanidīnija tiocianāta-fenola-hloroforma ekstrakciju." Analītiskā bioķīmija., ASV Nacionālā medicīnas bibliotēka, 1987. gada aprīlis, pieejama šeit. Piekļuve 2017. gada 31. augustam
2. Hindavi. “DNS, RNS un olbaltumvielu ekstrakcija: pagātne un tagadne.” BioMed Research International, Hindawi, 2009. gada 30. novembris, pieejams šeit. Piekļuve 2017. gada 31. augustam.

Attēla pieklājība:

1. Maiks Seyfang - “DNS, kas iegūts no avokado” - sākotnēji izlikts Flickr kā panākums (CC BY 2.0), izmantojot Commons Wikimedia
2. “PhOH-CHCl3 ieguve” Autors: Squidonius (saruna) - Savs darbs (Oriģinālteksts: pašizveidots) (Public Domain), izmantojot Commons Wikimedia