Atšķirība starp FISH un CGH

galvenā atšķirība starp FISH un CGH ir tas FISH ir molekulāra tehnika, kas nosaka specifisku DNS secību hromosomā, izmantojot ar fluorescējoši iezīmētām zondēm, savukārt CGH ir vēl viena molekulārā citoģenētiskā metode, kas nosaka izmaiņas genoma DNS.

Citoģenētiskajai analīzei ir liela nozīme medicīnā, atklājot hromosomu anomālijas, piemēram, aneuploidijas, dzēšanu, dublēšanos un pārkārtojumus utt. Hromosomu anomālijas galu galā noved pie ģenētiskām slimībām, piemēram, vēža, neauglības, Dauna sindroma, Klinefeltera sindroma, Tērnera sindroma, leikēmijas utt. Iepriekš minēto defektu un slimību noteikšanai ir dažādas molekulārās citoģenētiskās metodes. Starp tiem, FISH (fluorescējoša in situ hibridizācija) un CGH (salīdzinošā genoma hibridizācija) ir divas spēcīgas hibridizācijas metodes. Tomēr abām metodēm ir plusi un mīnusi.

SATURS

1. Pārskats un galvenās atšķirības
2. Kas ir ZIVIS 
3. Kas ir CGH?
4. Līdzības starp FISH un CGH
5. Salīdzinājums blakus - FISH vs CGH tabulas formā
6. Kopsavilkums

Kas ir ZIVIS?

ZIVIS ir nukleīnskābju hibridizācijas metode, ko veic audu daļai vai daļai visos audos vai šūnās. Tā ir uz zondi balstīta metode. Metode ir atkarīga no Vatsona Krika komplementāro bāzu pāru veidošanas teorijas, iegūstot vai nu DNS - DNS hibrīdus, vai DNS - RNS hibrīdus, kas tādējādi var atklāt mutācijas gēnus vai var identificēt interesējošo gēnu. Turklāt šajā paņēmienā tiek izmantotas vienpavedienu DNS sekvences, divpavedienu DNS sekvences, vienpavedienu RNS sekvences vai sintētiskais oligonukleotīds, kas sagatavots, izmantojot nika translāciju kā zondes, kas ir komplementāras interesējošajām gēnu sekvencēm. Turklāt vissvarīgākā šīs tehnikas iezīme ir zonžu marķēšana ar fluorescences krāsām. Tādējādi zondes saistās ar hromosomas komplementārajām daļām un padara to viegli atklājamu.

Turklāt FISH ir ļoti jutīga un specifiska metode. Tādējādi tā ir izplatīta metode gan ļaundabīgu audzēju, gan ļaundabīgu audzēju izpētē un diagnosticēšanā. Bet, FISH parāda zemu izšķirtspēju. Zondu secības projektēšanai ir vajadzīgas arī iepriekšējas zināšanas par mērķa anomāliju.

01. attēls: ZIVIS

Ir daudz FISH pielietojumu, galvenokārt infekcijas slimību molekulārajā diagnostikā, lai identificētu patogēnu klātbūtni un apstiprinātu patogēnu ar molekulārās diagnostikas palīdzību. Turklāt FISH ir plaši izmantota tehnika attīstības bioloģijas, kariotipēšanas un filoģenētiskās analīzes un hromosomu fiziskās kartēšanas jomās..

Kas ir CGH?

Salīdzinošā genoma hibridizācija (CGH) ir vēl viena uz DNS balstīta molekulārā citoģenētiskā metode, ar kuru var noteikt genoma DNS secību izmaiņas. Metode ir uzlabota metode, ar kuras palīdzību var analizēt hromosomu un gēnu modifikācijas, lai noteiktu izmaiņas vai izmaiņas genoma DNS sekvencēs. Turklāt CGH prasa izolēt un sadrumstalot DNS no eksperimentālā parauga un standartparauga. Pēc tam paraugi jāmarķē, izmantojot divas dažādas fluorescējošas krāsas (parasti sarkanu un zaļu). Vēlāk abi paraugi tiek sajaukti un atļauti konkurējošai hibridizācijai. Pēdējais solis ir paraugu analīze DNS izmaiņām, piemēram, gēna dublēšanās, gēna zudums utt. Īpaši tas mēra DNS kopiju skaita atšķirības starp testa paraugu un kontrolparaugu.

02 attēls: CGH

Tagad ir pieejama vēl viena CGH versija; tā ir sarežģītāka metode nekā parastā CGH. Tas ir paņēmiens, ko sauc par masīva bāzes CGH vai aCGH. aCGH ļauj precīzi identificēt gēna vai sekvences svītrojumus daudzos tūkstošos sekvenču vienā eksperimentā.

Kādas ir FISH un CGH līdzības??

• FISH un CGH ir divas molekulāras metodes.
• Gan FISH, gan CGH paļaujas uz nukleīnskābju hibridizāciju.
• Arī abām metodēm ir vajadzīgas konstruētas zondes, lai noteiktu specifiskus DNS mērķus.
• Mēs tos izmantojam ģenētisko slimību pirmsdzemdību un pēcdzemdību diagnostikai.
• Turklāt gan FISH, gan CGH ir ļoti spēcīgi rīki genoma izmaiņu izpētei.
• Zondu marķēšanai viņi izmanto fluorescējošas krāsvielas.

Kāda ir atšķirība starp FISH un CGH?

ZIVIS ir in situ hibridizācijas procedūra, kurā tiek izmantotas fluorescējošas zondes, lai noteiktu specifiskas DNS sekvences, savukārt CGH ir molekulārā hibridizācijas tehnika, kas nosaka genoma DNS sekvenču izmaiņas. Tātad, šī ir galvenā atšķirība starp FISH un CGH.

Turklāt FISH ir vajadzīgas iepriekšējas zināšanas par mērķa anomāliju, lai izstrādātu zondes secību, savukārt CGH nav vajadzīgas iepriekšējas zināšanas. Vēl viena atšķirība starp FISH un CGH ir tā, ka FISH ir ierobežota izšķirtspēja, bet aCGH ir augsta izšķirtspēja.

Zemāk esošajā infografikā ir apkopota atšķirība starp FISH un CGH.

Kopsavilkums - FISH vs CGH

FISH un CGH ir divas molekulāras citoģenētiskas metodes, kas atvieglo interesējošo gēnu secību noteikšanu. FISH atvieglo specifiskas DNS secības noteikšanu hromosomā, izmantojot ar fluorescējoši iezīmētām zondēm, bet CGH atvieglo genoma DNS izmaiņu noteikšanu. Tātad, šī ir galvenā atšķirība starp FISH un CGH.

Atsauce:

1. “Fluorescence In Hybridization (FISH)”. Dabas ziņas, Dabas izdevēju grupa, pieejama šeit.
2. Hesters, Sūzena D, et al. “Salīdzinošo genomu hibridizācijas tehnoloģiju salīdzinājums visās Microarray platformās.” Biomolekulāro metožu žurnāls: JBT, Biomolekulāro resursu kompleksa asociācija, 2009. gada aprīlis, pieejams šeit.

Attēla pieklājība:

1. Raksts Džefs - “Multiplex ViewRNA FISH tests Jurkat un HeLa šūnās” - Savs darbs (CC BY-SA 3.0), izmantojot Commons Wikimedia
2. “CGH shēma” Autors Mbaudis (saruna) (Augšupielādes) - Savs darbs (CC BY 2.5), izmantojot Commons Wikimedia