Atšķirība starp genotipēšanu un secību

Galvenās atšķirības - genotipēšana vs secība
 

Genotipēšana un sekvencēšana ir divas metodes, ko veic, lai iegūtu informāciju par nukleīnskābēm, galvenokārt par organisma DNS. Galvenā atšķirība starp genotipēšanu un secību ir tā genotipēšana ir process, kurā tiek noteikts, kurš ģenētiskais variants indivīdam piemīt, izmantojot marķierus, savukārt sekvencēšana ir nukleotīdu secības pareizas secības noteikšana noteiktā DNS fragmentā.

SATURS
1. Pārskats un galvenās atšķirības
2. Kas ir genotipēšana
3. Kas ir secība?
4. Blakus salīdzinājums - Genotipēšana un secība
5. Kopsavilkums

Kas ir genotipēšana??

Genotipēšana ir indivīda ģenētiskā stāvokļa noteikšana, izmantojot DNS un marķieru secību, un tā mantojuma salīdzināšana un identificēšana. Genotipēšana ir svarīga evolūcijas bioloģijā, populācijas bioloģijā, taksonomijā, ekoloģijā un organismu ģenētikā. To var veikt ar dažādām metodēm, ieskaitot DNS sekvenēšanu, polimerāzes ķēdes reakciju, restrikcijas fragmenta garuma polimorfismu (RFLP), nejauši pastiprinātu polimorfu noteikšanu, pastiprinātu fragmenta garuma polimorfismu (AFLP), DNS mikroarāmus utt..

Genotipēšana ietver noteiktu nelielu DNS sekvenču fragmentu secību un ģenētiskā sastāva saistību ar citiem indivīdiem, izmantojot ģenētiskos marķierus. Tas nosaka atsevišķu nukleotīdu polimorfismus (SNP) starp indivīdiem vai specifiskām alēlēm. Genotipēšana ir pielietojama ļoti daudziem organismiem, ieskaitot cilvēkus. Tas ir piemērojams arī mikroorganismiem, piemēram, vīrusiem, sēnītēm utt., Un to var izmantot, lai noteiktu to ģenētiskos variantus ar atsauces profiliem. Molekulārajā epidemioloģijā un kriminālistikas mikrobioloģijā patogēnu, īpaši mikroorganismu, kontroli kontrolē ar informāciju, kas iegūta, veicot genotipēšanu. Ģenotipu noteikšana ir ļoti svarīga ciltsrakstu analīzē. Cilvēkiem tiek noteikts genotips, lai apstiprinātu mātes un tēva stāvokli. Genotips atklās gēnu dominējošās un recesīvās alēles, kas nosaka īpašās iezīmes.

Attēls_1: RFLP genotipēšana

Kas ir sekvencēšana?

Secināšana ir pareiza nukleotīda secības noteikšanas process noteiktā DNS vai RNS fragmentā. Praktiski visa informācija, kas nepieciešama organisma augšanai un attīstībai, ir kodēta tā genomā. Paņēmienu pieejamība dažu simtu nukleotīdu garu nukleīnskābju fragmentu iegūšanai un atdalīšanai noveda pie tā, ka tika izstrādātas procedūras, lai noteiktu konkrēta DNS vai RNS fragmenta precīzu nukleotīdu secību. Mūsdienās ir pieejami dažādi secības noteikšanas metožu veidi. Šīs sekvencēšanas metodes kopā ar genoma bibliotēku konstruēšanas tehnoloģijām, kas attēlo visu organisma genomu, atvieglo visa organisma genoma secību, veicot padziļinātu gēnu struktūru, gēnu funkciju, gēnu atrašanās vietu, gēnu ekspresiju analīzi, gēnu kartēšana, gēnu regulējošie reģioni utt.

Daudzu vīrusu, vairāku baktēriju, arhebaktēriju, rauga un vairāku citu organismu kopējie genomi ir sakārtoti un kartēti. Cilvēka genoma projekts ļāva secīgi sadalīt un kartēt visu cilvēka genomu un publicēt tā pirmo projektu 2003. gadā. Tas ir nozīmīgs pavērsiens bioloģijas attīstībā. Cilvēka genoma sekvences tagad tiek izmantotas medicīnas nozarē, lai identificētu reto slimību ģenētiskos cēloņus, pārbaudītu slimības risku jaundzimušajiem, identificētu dažādu vēža ģenētiskās detaļas, izstrādātu jaunus terapijas līdzekļus un izstrādātu jaunus diagnostikas rīkus utt..

Augu pasaulē ir sakārtoti rīsu un Arabidopsis genomi. Zināšanas par šīm sekvencēm neapšaubāmi mainīs mūsu izpratni par šūnu un organismu darbību.

Attēlā_2: Sanger secības autoradiogrāfs

Kāda ir atšķirība starp genotipēšanu un sekvencēšanu?

Genotipēšana vs secēšana
Genotipēšana ir indivīda ģenētiskā sastāva noteikšanas process un šī organisma grupas vai taksonomijas pārbaude.	Secināšana ir process, kurā tiek noteikta precīza dotā DNS vai RNS fragmenta nukleotīdu secība.
Metodes
RFLP, gēnu sekvencēšana, PCR, DNS mikropapildi, AFLP utt.	Sangera sekvencēšana, Gilberta sekvencēšana, pirosekvenēšana, nākamās paaudzes sekvencēšana, šāviena sekvencēšana utt..
Galvenās bažas
Vairāk uztrauc tas, vai genotipa atšķirības rada faktiskās fenotipa atšķirības.	Tas vairāk uztrauc nukleotīdu secību un to atšķirības un izmaiņas ar citiem organismiem.

Kopsavilkums - Genotipēšana vs secība

Genotipa noteikšana un secība ir noderīga organismu ģenētiskās informācijas izpētei. Genotipa noteikšana ir process, kurā nosaka indivīdu genotipa variācijas un atrod to kategorijas. Secināšana ir pareiza nukleotīdu secības noteikšanas process ieinteresētajā fragmentā vai DNS reģionā. Abas metodes sniedz svarīgu informāciju par gēniem un genomiem.

Atsauce:
1. “Genotipēšanas metodes”. Metodes molekulārajā bioloģijā (Clifton, N.J.). ASV Nacionālā medicīnas bibliotēka, n.d. Web. 2017. gada 20. februāris.
2. Akey, J. M., D. Sosnoski, E. Parra, S. Dios, K. Heister, B. Su, C. Bonilla, L. Jin un M. D. Shriver. "SNP kušanas līknes analīze (McSNP:): bez želejas un lēta pieeja SNP genotipēšanai." BioTechniques 30.2 (2001): 358-67. Web.

Attēla pieklājība:
1. “RFLP genotipēšana” (nezināms) - Nacionālie veselības institūti (publiskais īpašums), izmantojot Commons Wikimedia
2. Abiozara “Radioaktīvi fluorescējoši” angļu valodas Vikipēdijā (CC BY-SA 3.0), izmantojot Commons Wikimedia