Atšķirība starp Nika tulkošanu un Primer pagarināšanu

Galvenā atšķirība - Nika tulkošana vs Primer pagarināšana
 

Nika tulkošana un praimera pagarināšana ir divas svarīgas metodes, ko veic molekulārajā bioloģijā. Galvenā atšķirība starp segvārdu tulkošanu un gruntējuma paplašināšanu ir tā nika tulkošanas process rada marķētas zondes citām hibridizācijas metodēm kamēr praimeru pagarināšanas metode identificē specifisku RNS secību no maisījuma un atklāj informāciju par mRNS ekspresiju. Abām metodēm ir liela nozīme, un tās regulāri tiek veiktas molekulāro pētījumu laboratorijās.

SATURS
1. Pārskats un galvenās atšķirības
2. Kas ir Nika tulkošana
3. Kas ir Primer Extension
4. Blakus salīdzinājums - Nick Translation vs Primer Extension
5. Kopsavilkums

Kas ir Niks Tulkojums?

Nika tulkošana ir svarīga metode, ko izmanto, lai sagatavotu marķētas zondes dažādām molekulārbioloģiskām metodēm, piemēram, blotēšanai, in situ hibridizācija, fluorescējoša in situ hibridizācija utt in vitro DNS marķēšanas metode. DNS zondes tiek izmantotas, lai identificētu specifiskas DNS vai RNS sekvences. Ar marķētas zondes palīdzību specifiskus fragmentus var iezīmēt vai vizualizēt no sarežģīta nukleīnskābes maisījuma. Tāpēc marķētās zondes tiek sagatavotas, izmantojot dažādas metodes, kuras izmanto dažādām metodēm. Nika tulkošana ir viena no šādām metodēm, ar kuras palīdzību ar DNase 1 un DNS polimerāzes 1 fermentiem iegūst marķētas zondes.

Nika tulkošanas process sākas ar DNase 1 enzīma aktivitāti. DNase 1 ievada nišas divkāršās DNS fosfāta mugurkaulā, šķeļot fosfodiestera saites starp nukleotīdiem. Kad niks tiks izveidots, tiks iegūta brīva nukleotīda 3 'OH grupa, un uz to darbosies ferments DNS polimerāze 1. DNS 1. polimerāzes 5 'līdz 3' eksonukleāzes aktivitāte noņem nukleotīdus no nika virzienā uz DNS virknes 3 'virzienu. Vienlaikus darbojas DNS polimerāzes 1 fermenta polimerāzes aktivitāte un pievieno nukleotīdus, lai aizstātu noņemtos nukleotīdus. Ja nukleotīdi tika marķēti, aizstāšana notiks ar marķētajiem nukleotīdiem, un tas iezīmēs DNS identifikācijai. Šo tikko sintezēto marķēto DNS var izmantot kā zondes dažādās molekulārās bioloģijas hibridizācijas reakcijās.

01. attēls. Nika tulkošanas process

Kas ir Primer pagarināšana?

Primer pagarināšana ir paņēmiens, ko izmanto, lai atrastu specifisku RNS secību no RNS maisījuma un atrastu mRNS transkripcijas 5 'galu. To izmanto arī RNS struktūras un ekspresijas izpētei. Gruntēšanas pagarināšanas metodi veic ar marķētiem gruntiņiem vai ar marķētiem nukleotīdiem. Ja tiek izmantoti marķēti grunti, tas izslēdz nepieciešamību marķēt nukleotīdus, kurus izmanto cDNS sintēzei. Šajā tehnikā ir vairākas darbības. Tas sākas ar RNS ekstrahēšanu no parauga. Pēc tam maisījumam kopā ar nepieciešamajām sastāvdaļām pievieno marķētu oligonukleotīdu grunti, lai sintezētu specifiskas RNS sekvences cDNS. Grunts atlaidina ar papildinošu secību no maisījuma. Izmantojot praimeri atkvēlinātu secību kā šablonu, fermenta reversā transkriptāze sintezē RNS sekvences komplementāro DNS (cDNS). Grunts atlaidināšana un reversā transkripcija notiek tikai tad, ja paraugā ir īpaša RNS secība. Visbeidzot, veicot denaturēšanas gela elektroforēzi, var noteikt RNS sekvences lielumu. Ar praimeru pagarināšanas metodi ir viegli atrast arī mRNS (transkripcijas iniciācijas vietas) sekvences +1 bāzi. Ar šo metodi var noteikt paraugā esošā mRNS daudzumu, ja tiek izmantots pārmērīgs gruntējums.

Attēls 02: Primer pagarinājums

Kāda ir atšķirība starp Nika tulkošanu un Primer Extension?

Nika tulkošana vs “Primer Extension”
Nika tulkošana ir process, kas rada marķētas DNS zondes dažādām hibridizācijas reakcijām.	Primer pagarināšana ir paņēmiens, ko izmanto, lai atrastu specifisku RNS vai pētītu gēnu ekspresiju.
Izmantotie fermenti
Tiek izmantoti DNāzes 1 un DNS polimerāzes fermenti.	Tiek izmantots reversās transkriptāzes enzīms.
Svarīgums
Nika tulkošana atvieglo specifiskas DNS sekvences marķēšanu.	Primer pagarinājums ļauj noteikt specifisku mRNS sekvences lielumu un paraugā esošo daudzumu.

Kopsavilkums - Nick Translation vs Primer Extension

Nika tulkošana ir metode, ko izmanto, lai sintezētu iezīmētās zondes, pamatojoties uz DNase 1 un E coli DNS polimerāzes 1 fermenti. Tas ir in vitro metode, ko izmanto laboratorijās pirms dažādām hibridizācijas metodēm. Nika tulkošanas laikā DNS 1 polimerāzes 5'-3 'eksonukleāzes aktivitāte noņem nukleotīdus pirms nika, un DNS 1 polimerāzes aktivitāte aizvieto noņemtos nukleotīdus ar marķētiem nukleotīdiem aiz segvārda. Primer pagarināšana ir metode, kuru izmanto, lai noteiktu specifisku RNS transkriptu no maisījuma un noteiktu interesējošās RNS lielumu un daudzumu. Šī ir atšķirība starp segvārdu tulkošanu un gruntējuma paplašināšanu.

Atsauces
1. Reids, Alekss. “Nika tulkošana.” Springers. N.p., n.d. Web. 2017. gada 18. aprīlis
2. “Primer Extension”. Nacionālā diagnostika. N.p., n.d. Web. 2017. gada 19. aprīlis
3. Kuo, M. T. un W. Plunkett. "Metafāzu hromosomu nika tulkojums: nukleāzes hipersensitīvu reģionu marķēšana in hromosomās in vitro." Amerikas Savienoto Valstu Nacionālās zinātņu akadēmijas raksti. ASV Nacionālā medicīnas bibliotēka, 1985. gada februāris. Web. 2017. gada 19. aprīlis
4. Raimonds et al. "Vienkāršs, kvantitatīvs primer-pagarinājuma PCR tests mikroRNS un īslaicīgi traucējošu RNS tiešai kontrolei." RNS. Autortiesības 2005, RNA Society, 2005. gada novembris. Web. 2017. gada 19. aprīlis

Attēla pieklājība:
1. “Primer Extension Assay” autors Jnnmmnjj - Savs darbs (CC BY-SA 3.0), izmantojot Commons Wikimedia