Atšķirība starp ziemeļu dienvidu un rietumu blotēšanu

Galvenā atšķirība - ziemeļu vs dienvidu vs rietumu blotēšana

Specifisku DNS, RNS un olbaltumvielu secību noteikšana ir būtiska dažāda veida pētījumiem molekulārajā bioloģijā. Gēla elektroforēze ir paņēmiens, kas atdala DNS, RNS un olbaltumvielas pēc to lieluma. No gēla profiliem noteiktā DNS secībā, RNS secībā vai olbaltumvielās tiek noteiktas ar īpašām metodēm, ko sauc par blotēšanu un hibridizāciju ar marķētajām zondēm. Ir trīs dažādu veidu blotēšanas metodes, proti, dienvidu, ziemeļu un rietumu. Galvenā atšķirība starp ziemeļu dienvidu un rietumu blotēšanu ir saistīta ar molekulu veidu, ko tā nosaka no parauga. Dienvidu blotēšana ir metode, kas nosaka noteiktu DNS secību no DNS parauga. Ziemeļblotings ir paņēmiens, kas no RNS parauga nosaka specifisku RNS secību. Western blotings ir metode, kas nosaka noteiktu olbaltumvielu no olbaltumvielu parauga.

SATURS
1. Pārskats un galvenās atšķirības
2. Kas ir Dienvidu blotings
3. Kas ir ziemeļu blotings
4. Kas ir Rietumu blotēšana
5. Salīdzinājums blakus - ziemeļu vs dienvidu vs rietumu blotings
6. Kopsavilkums

Kas ir Dienvidu blotings?

Southern blotēšanas paņēmiens tika izstrādāts E. M. Southern 1975. gadā, lai noteiktu DNS paraugu no DNS īpašas sekvences. Šī ir pirmā molekulārajā bioloģijā ieviestā blotēšanas metode. Tas ļāva noteikt specifiskus gēnus no DNS, specifiskus fragmentus no DNS utt. Dienvidu blotēšanas tehnikā ir iesaistītas vairākas darbības. Tie ir šādi.

DNS tiek izdalīts no parauga un sagremots ar restrikcijas endonukleāzēm.
Sagremoto paraugu atdala ar agarozes gēla elektroforēzi.
Gēnā esošie DNS fragmenti tiek denaturēti atsevišķās daļās, izmantojot sārmainu šķīdumu.
Ar vienpavediena DNS kapilāru pārnešanu pārnes uz nitrocelulozes filtra membrānu.
Pārnestā DNS tiek pastāvīgi fiksēta uz membrānas.
Fiksētā DNS uz membrānas tiek hibridizēta ar iezīmētām zondēm.
Nesaistīts DNS tiek mazgāts no membrānas.
Rentgenstaru filma tiek pakļauta membrānai un tiek sagatavots autoradiogrāfs.

Dienvidu blotēšana tiek pielietota dažādiem molekulārās bioloģijas aspektiem. Tas ir noderīgi RFLP kartēšanā, kriminālistikas pētījumos, DNS metilēšanā gēnu ekspresijā, mutētu gēnu noteikšanā ģenētiskos traucējumos, DNS pirkstu nospiedumu noņemšanā utt..

01. attēls. Dienvidu blotēšanas tehnika

Kas ir ziemeļu blotings?

Ziemeļblotings ir metode, kas izstrādāta, lai noteiktu specifisku RNS secību vai mRNS secību no parauga, lai pētītu gēna ekspresiju. Šo paņēmienu 1979. gadā izstrādāja Alwine, Kemp un Stark. Tas atšķiras no papildu un rietumu blotēšanas paņēmieniem vairāku pakāpju dēļ. Tomēr šo paņēmienu veic arī ar gēla elektroforēzi, blotēšanu un hibridizāciju ar specifiskām marķētām zondēm un noteikšanu. Ziemeļu blotēšanas paņēmiens tiek veikts šādi.

RNS ekstrahē no parauga un atdala ar gēla elektroforēzi.
RNS no gela pārnes uz blotēšanas membrānu un fiksē.
Membrānu apstrādā ar marķētu zondi, kas sagatavota no cDNS vai RNS (zonde ir komplementāra ar noteiktu parauga secību).
Zondi inkubē ar membrānu, lai saistītos ar noteiktu secību.
Nesaistītās zondes tiek mazgātas.
Hibridizētus fragmentus nosaka ar autoradiogrāfu.

Ziemeļu blotings ir svarīgs rīks hibridizētas mRNS noteikšanai un kvantitatīvai noteikšanai, RNS degradācijas izpētei, RNS pusperioda novērtēšanai, RNS splicēšanas noteikšanai, gēnu ekspresijas izpētei utt..

02 attēls: Ziemeļblotings

Kas ir Rietumu blotēšana?

Western blotings ir metode, kā noteikt proteīnu no olbaltumvielu maisījuma, izmantojot marķētu antivielu. Tāpēc Western blot ir arī pazīstams kā imūnblots. Šo paņēmienu ieviesa Towbin un citi 1979. gadā, un tagad to regulāri veic olbaltumvielu analīzes laboratorijās. Soļi ir šādi.

Olbaltumvielas ekstrahē no parauga
Olbaltumvielas tiek atdalītas pēc to lieluma, izmantojot poliakrilamīda gela elektroforēzi
Atdalītās molekulas ar elektroporācijas palīdzību tiek pārnestas uz PVDF membrānu vai nitrocelulozes membrānu
Membrāna tiek bloķēta, lai nespecifiski saistītos ar antivielām
Pārnestās olbaltumvielas ir saistītas ar primāro antivielu (ar enzīmu marķētām antivielām).
Membrānu mazgā, lai noņemtu nespecifiski saistītās primārās antivielas
Saistītās antivielas tiek noteiktas, pievienojot substrātu un atklājot izveidotās krāsainās nogulsnes

Western blotēšana ir noderīga anti-HIV antivielu noteikšanai cilvēka seruma paraugā. Western blot var izmantot arī kā apstiprinošu testu B hepatīta infekcijai un galīgu testu trako govju slimībai.

03. attēls: Rietumu blotēšana

Kāda ir atšķirība starp ziemeļu dienvidu un rietumu blotēšanu?

Ziemeļu vs dienvidu vs rietumu blotēšana
Konstatētās molekulas tips
Ziemeļu blotēšana	Northema blotings nosaka specifisku RNS secību no RNS parauga.
Dienvidu blotēšana	Dienvidu blotēšana nosaka noteiktu DNS secību no DNS parauga.
Rietumu blotēšana	Western blotings nosaka noteiktu olbaltumvielu no olbaltumvielu parauga.
Želejas tips
Ziemeļu blotēšana	Tam tiek izmantota agarozes / formaldehīda želeja.
Dienvidu blotēšana	Tam tiek izmantots Agarozes gēls.
Rietumu blotēšana	Tam tiek izmantots poliakrilamīda gēls.
Blotēšanas metode
Ziemeļu blotēšana	Šī ir kapilārā nodošana.
Dienvidu blotēšana	Šī ir kapilārā nodošana.
Rietumu blotēšana	Šī ir elektriskā pārsūtīšana.
Izmantotās zondes
Ziemeļu blotēšana	cDNS vai RNS zondes, kas marķētas radioaktīvi vai neradioaktīvi.
Dienvidu blotēšana	DNS zondes ir marķētas radioaktīvi vai neradioaktīvi.
Rietumu blotēšana	Primārās antivielas tiek izmantotas kā zondes.
Noteikšanas sistēma
Ziemeļu blotēšana	To veic, izmantojot autoradiogrāfu vai gaismas vai krāsas maiņas noteikšanu.
Dienvidu blotēšana	To veic, izmantojot autoradiogrāfu, gaismas vai krāsas maiņas noteikšanu.
Rietumu blotēšana	Tas tiek darīts, izmantojot gaismas vai krāsas maiņas noteikšanu.

Kopsavilkums - ziemeļu vs dienvidu vs rietumu blotēšana

Blotēšana ir īpaša metode, kas izstrādāta, lai no paraugiem identificētu specifiskas DNS, RNS vai olbaltumvielas. Ir trīs atsevišķas blotēšanas procedūras, proti, ziemeļu, dienvidu un rietumu, lai noteiktu noteikta veida molekulu. Northern blotting metode ir izstrādāta, lai noteiktu specifisku RNS secību no RNS maisījuma. Dienvidu blotēšanas paņēmiens ļauj noteikt specifisku DNS secību no DNS parauga, un ir izstrādāta Western blotēšanas metode, lai noteiktu olbaltumvielu no olbaltumvielu maisījuma.

Atsauces
1. Gibbons, Janay. “Western blot: pārskats par olbaltumvielu pārnešanu.” Ziemeļamerikas medicīnas zinātņu žurnāls. Medknow Publications & Media Pvt Ltd, 2014. gada marts. Tīmeklis. 2017. gada 27. marts
2. Brauns, T. “Dienvidu blotēšana.” Aktuālie protokoli imunoloģijā. ASV Nacionālā medicīnas bibliotēka, 2001. gada maijs. Web. 2017. gada 27. marts
3. Viņš, Šans L. “Ziemeļu blots”. Metodes enzimoloģijā. ASV Nacionālā medicīnas bibliotēka, 2013. Web. 2017. gada 27. marts

Attēla pieklājība:
1. RNA405 “Ziemeļu blotēšanas shēma” - pašu darbs (publiskais īpašums), izmantojot Commons Wikimedia
2. “Western blot 114A”, autors Amanthabagdon - pašu darbs (publiskais īpašums), izmantojot Commons Wikimedia

Zinātne un daba