Atšķirība starp proteomiku un transkriptiku

Galvenā atšķirība - proteomika vs transkriptika
 

Omika tehnoloģija ir pašreizējā tendence, kurā dažādās organisma biomolekulēs tiek apskatītas visas kolekcijas, ņemot vērā tā īpašības un funkcijas. Omic tehnoloģijai ir plašs lietojumu klāsts. Bioloģiskā parauga dažādie omiki ietver genomiku, proteomiku, transkriptiku un metabolomiku. Proteomika ietver visu olbaltumvielu pilnīgu izpēti dzīvā organismā. Tas tiek definēts kā visu organismā izteikto olbaltumvielu kopums, tā strukturālās un funkcionālās īpašības. Pilns olbaltumvielu komplekts veido proteomu. Transkriptika ir pilnīgs visu dzīvā organismā esošo MNS (mRNS) molekulu pētījums. Tādējādi transkriptika nodarbojas ar gēniem, kas tiek aktīvi izteikti dzīvā organismā. Kopējais mRNS komplekts dzīvā organismā tiek saukts par transkriptu. galvenā atšķirība starp proteomiku un transkriptiku balstās uz biomolekulas tipu. Proteomikā tiek pētīts kopējais izteikto olbaltumvielu kopums dzīvā organismā, turpretī transkriptikā tiek pētīts dzīvā organisma kopējais mRNS.

SATURS

1. Pārskats un galvenās atšķirības
2. Kas ir proteomika
3. Kas ir transkriptika
4. Proteomikas un transkriptikas līdzības
5. Salīdzinājums blakus - proteomika vs transkriptika tabulas formā
6. Kopsavilkums

Kas ir proteomika?

Termins proteomika tika radīts 1995. gadā, un sākotnēji to definēja kā kopējo olbaltumvielu kompleksu šūnā, audos vai organismā. Attīstoties proteomikas pētījumiem, to vēlāk pārveidoja, lai to uzskatītu par jumta terminu, kurā tika iekļauti daudzi pētījumu virzieni. Pašlaik tēmas proteomika ietvaros tiek pētīta struktūra, orientācija, funkcijas, mijiedarbība, modifikācijas, pielietojumi un olbaltumvielu nozīme. Tāpēc šobrīd proteomikas jomā tiek veikts daudz pētījumu.

Pirmie proteomātiskie pētījumi tika veikti, lai noteiktu olbaltumvielu saturu Escherichia coli. Kopējā olbaltumvielu satura kartēšana tika veikta, izmantojot divdimensiju (2D) želejas. Pēc šī panākuma zinātnieki sāka raksturot kopējo olbaltumvielu saturu dzīvniekiem, piemēram, jūrascūciņām un pelēm. Pašlaik cilvēka olbaltumvielu kartēšana tiek veikta, izmantojot 2D gēla elektroforēzi.

Proteomikas pielietojumi

Proteomikas izpētei ir daudz priekšrocību, jo olbaltumvielas ir olbaltumvielu katalizatora īpašības dēļ lielākās aktivitātes galvenās molekulas. Tādējādi veselu olbaltumvielu izpēte var sniegt informāciju par organisma veselības stāvokli. Daži lietojumi ir;

1. Genoma anotācija: Izpētot olbaltumvielu saturu organismā, var noteikt precīzus genomus, kas atbild par aktīvo olbaltumvielu savienojumu. Šajā scenārijā ir svarīgi visu genomiku, transkriptikas un proteomikas rezultāti.
2. Slimības identificēšana / diagnostika: Proteomika tiek izmantota slimības stāvokļa identificēšanai, salīdzinot veselos un slimos
3. Veikt olbaltumvielu ekspresija pētīta eksperimentēšanas laikā.
4. Olbaltumvielu modifikācijas un mijiedarbības pētījumi: Lai olbaltumvielas lietotu in vitro nosacījumi vai un in vivo apstākļos, lai izlemtu šo ekstrahēto olbaltumvielu glabāšanas apstākļus un izpētītu olbaltumvielu izturēšanos in vitro, in vivo un in silico metodes.

01. attēls. Proteomika

Proteomikā ir iesaistīti dažādi paņēmieni

1. Kopējā olbaltumvielu ekstrahēšana un olbaltumvielu atdalīšana, izmantojot 2D gēla elektroforēzi. Olbaltumvielas var arī atdalīt, izmantojot augstas izšķirtspējas šķidruma hromatogrāfiju (HPLC).
2. Ekstrahēto olbaltumvielu sekvencēšana, izmantojot tādas metodes kā Edmunda sekvencēšanas metode vai masas spektrometrija.
3. Kad secības ir noteiktas, olbaltumvielu satura strukturālās un funkcionālās īpašības tiek analizētas, izmantojot datorizētu programmatūru un bioinformātikas rīkus..

Kas ir transkriptika?

Transkripta termins tiek radīts nesen. Transkriptika ir kopējā organisma mRNS satura izpēte. Kopējā mRNS ir ekspresētā DNS dzīvā organismā vai šūnā. Pilnīga mRNS kolekcija tiek dēvēta par transkriptu.

Transkripta analīzes pasākumi ietver,

1. RNS ekstrahēšana, mRNS atdalīšana, izmantojot kolonnas gēla hromatogrāfiju ar poli-DT lodītēm.
2. Tiek veikta mRNS sekvencēšana.

Mikrogrāfijas tehnoloģija ir viens no izplatītākajiem veidiem organisma transkripta identificēšanai. Mikrouzņēmuma metode ietver zondes plāksni ar transkripta papildinošajām šķipsnām. Pēc hibridizācijas var raksturot organismā vai šūnās esošo mRNS.

02. Attēls. Transkriptiskās metodes

Transkriptika tagad tiek plaši izmantota medicīnas jomā. Slimību diagnostika un slimību profilēšana ir galvenās jomas, kurās tiek izmantota transkriptika. Analizējot organisma transkriptu, var noteikt svešu mRNS, un, ja ir kādas infekcijas, to var identificēt. Nekodēto RNS var atdalīt, izmantojot transkriptiskās tehnoloģijas. Var kontrolēt arī gēnu ekspresiju dažādos vides apstākļos.

 Kādas ir līdzības starp proteomiku un transkriptiku?

• Abi ir daļa no universālās tehnoloģijas jēdziena.
• Abas izmanto slimību diagnostikā un organisma slimību raksturošanā.
• Abas pētījumu jomas ietvēra biomolekulas ekstrakciju, biomolekulas atdalīšanu un secības noteikšanas posmus.

Kāda ir atšķirība starp proteomiku un transkriptiku?

Protemika vs transkriptika
Proteomika ietver visu olbaltumvielu pilnīgu izpēti dzīvā organismā.	Transkriptika ir pilnīgs visu dzīvā organismā esošo MNS (mRNS) molekulu pētījums.
Pētīts bio molekulas tips
Olbaltumvielas tiek pētītas proteomikā.	mRNS tiek pētīti transkriptikā.
Pētītie faktori
Proteomikā tiek pētīta olbaltumvielu struktūra, funkcijas, mijiedarbība, modifikācijas un pielietojums.	Transkriptikā tiek pētīta sekvences struktūra, mijiedarbība ar vidi un mRNS pielietojums.

Kopsavilkums - proteomika vs transkriptika 

Omikai ir liela nozīme dzīvības zinātņu jomā. Proteomika attiecas uz proteoma izpēti, kas šūnā vai organismā veido pilnīgas olbaltumvielu kolekcijas. Transkriptika attiecas uz transkripta izpēti, kas ir viss izteikto DNS komplekts, kas ir mRNS formā. Divas pētījumu jomas, proteomika un transkriptika, tika iegūtas pēc genomikas ieviešanas, un šobrīd tās plaši izmanto medicīniskajā diagnostikā un organismu raksturošanā un skrīningā. Tā ir atšķirība starp proteomiku un transkriptiku.

Lejupielādējiet Proteomics vs Transcriptomics PDF

Varat lejupielādēt šī raksta PDF versiju un izmantot to bezsaistes vajadzībām, kā norādīts citēšanas piezīmē. Lūdzu, lejupielādējiet PDF versiju šeit: Atšķirība starp proteomiku un transkriptiku

Atsauce:

1.Horgans, Ričards P un Luīze C Kenija. “Omic” tehnoloģijas: genomika, transkriptika, proteomika un metabomika. ” Dzemdību speciālists un ginekologs, Blackwell Publishing Inc, 2011. gada 18. jūlijs. Pieejams šeit  
2.Graves, Paul R. un Timothy A. J. Haystead. “Molekulārā biologa rokasgrāmata proteomikai.” Mikrobioloģijas un molekulārās bioloģijas pārskati, Amerikas mikrobioloģijas biedrība, 2002. gada marts. Pieejams šeit
3.Lowe, Rohan, et al. “Transkriptikas tehnoloģijas.” PLoS Computational Biology, Zinātnes publiskā bibliotēka, 2017. gada maijs. Pieejams šeit  

Attēla pieklājība:

1.'Proteomics'By Xxl7441 angļu valodā Wikibooks - Pārsūtīts no en.wikibooks uz Commons., (Public Domain), izmantojot Commons Wikimedia
2. 'Mikrouzņēmums un sekvencēšanas plūsmas šūna' Tomass Šafejs - Savs darbs, (CC BY 4.0), izmantojot Commons Wikimedia