Atšķirība starp RAPD un RFLP

Galvenā atšķirība - RAPD vs RFLP
 

Ģenētiskos marķierus izmanto molekulārajā bioloģijā, lai identificētu ģenētiskās variācijas starp indivīdiem un sugām. Nejauši pastiprināta polimorfā DNS (RAPD) un Ierobežojuma fragmenta garuma polimorfisms (RFLP) ir divi svarīgi molekulārie marķieri, kurus regulāri izmanto laboratorijās. RAPD tiek veikts ar īsiem un patvaļīgiem oligonukleotīdu praimeriem, un tas ir balstīts uz vairāku vietu izlases veida amplifikāciju visā organisma šablona DNS. RFLP tiek veikta ar īpašu restrikcijas endonukleāzi, un tās pamatā ir iegūto restrikcijas fragmentu polimorfisms un hibridizācija. Galvenā atšķirība starp RAPL un RFLP ir tā RAPD ir PCR tehnikas veids, ko veic bez iepriekšējām zināšanām par secību tā kā RFLP nav iesaistīts PCR un, lai veiktu paņēmienu, ir vajadzīgas iepriekšējas secības zināšanas.

SATURS
1. Pārskats un galvenās atšķirības
2. Kas ir RAPD?
3. Kas ir RFLP
4. Salīdzinājums blakus - RAPD vs RFLP
5. Kopsavilkums

Kas ir RAPD??

RAPD ir noderīgs molekulārais marķieris molekulārajā bioloģijā. Tas ir ātrs un ērts paņēmiens. RAPD var definēt kā metodi, kuras rezultātā tiek iegūtas polimorfās DNS sekvences mērķa DNS šablona vairāku vietu nejaušas pastiprināšanas rezultātā. RAPD PCR amplifikācijai izmanto īsus oligonukleotīdu praimerus ar patvaļīgām sekvencēm. Grunti tiek mākslīgi sintezēti bez iepriekšējām secības zināšanām. Tāpēc to uzskata par vieglu un noderīgu paņēmienu.

RAPD ir iesaistīti šādi galvenie soļi.

1. Mērķa DNS ekstrakcija
2. Mērķa DNS vairāku vietu pastiprināšana, izmantojot nejauši izvēlētus gruntējumus
3. Amplicētu PCR produktu gēla elektroforēze
4. Krāsošana ar etiīdija bromīdu un polimorfisma noteikšana

Gruntēšanas atlaidināšanas variācijas rezultātā pastiprināšanas laikā tiek ģenerēti dažādi fragmenti ar dažādu garumu. Tādējādi želeju joslu veidošanās modeļi indivīdiem un sugām ir atšķirīgi. Tādējādi RAPD ļauj noteikt ģenētiskās variācijas starp organismiem, identificējot un diferencējot.

RAPD izmanto dažādos molekulārās bioloģijas pētījumos, piemēram, cieši saistītu sugu ģenētisko atšķirību identificēšanā, gēnu kartēšanā, DNS pirkstu nospiedumu ņemšanā, iedzimtu slimību identificēšanā utt..

01. attēls: RAPD

Kas ir RFLP??

Restrikcijas fragmenta garuma polimorfismi (RFLP) ir molekulārs marķieris, ko izmanto molekulārajā bioloģijā ģenētisko variāciju identificēšanai homologās DNS sekvencēs. Tas ir pirmais ģenētiskais marķieris, kas izstrādāts DNS pirkstu nospiedumu noņemšanai. Visi organismi rada unikālus DNS profilus, ja tos ierobežo ar īpašiem restrikcijas fermentiem. RFLP kalpo kā svarīgs līdzeklis, veidojot unikālus indivīdu DNS profilus un atklājot ģenētiskās variācijas starp tiem. Sadalot DNS paraugus ar īpašām restrikcijas endonukleāzēm, iegūst atšķirīgus DNS profilus, kas ir unikāli katram indivīdam. Tādēļ šīs metodes galvenā sastāvdaļa ir ģenētisko variāciju noteikšana organismu starpā, ierobežojot homologo DNS ar specifiskiem restrikcijas fermentiem, un fragmenta garuma polimorfisma analīze, izmantojot gēla elektroforēzi un blotēšanu. Blotēšanas modeļi ir unikāli katram organismam un raksturo specifiskos genotipus.

Ar RFLP tiek saistīti šādi pasākumi.

1. Pietiekama daudzuma DNS izolēšana no paraugiem
2. DNS paraugu fragmentēšana ar specifiskām restrikcijas endonukleāzēm īsā secībā
3. Iegūtos fragmentus ar dažādu garumu atdala ar agarozes gēla elektroforēzi.
4. Gēla profila pārnešana membrānā ar Southern blotēšanu
5. Membrānas hibridizācija ar iezīmētām zondēm un fragmenta garuma polimorfisma analīze katrā profilā

RFLP ir dažādas lietojumprogrammas, piemēram, mantojuma slimību diagnostika, genoma kartēšana, kriminālidentifikācija kriminālistikas pētījumos, paternitātes pārbaude utt..

02 attēls: RFLP genotipēšana

Kāda ir atšķirība starp RAPD un RFLP?

RAPD vs RFLP
RAPD ir molekulārais marķieris, kura pamatā ir nejaušie grunti un PCR.	RFLP ir molekulārs marķieris, kura pamatā ir dažāda garuma ierobežojuma fragmentu ražošana.
Nepieciešamais paraugs
RAPD analīzei pietiek ar maziem DNS paraugiem.	RFLP analīzei ir nepieciešams liels daudzums ekstrahēta DNS parauga.
Laiks
RAPD ir ātrs process.	RFLP ir laikietilpīgs process.
Primer lietošana
Tiek izmantoti nejauši grunti, un dažādām sugām var izmantot tos pašus gruntējumus.	RFLP hibridizācijā tiek izmantotas sugai specifiskas zondes.
Uzticamība
Tehnikas uzticamība ir mazāka nekā RFLP.	RFLP ir uzticama tehnika.
Blotēšana
RAPD ietver dienvidu blotēšanu.	Dienvidu blotēšana ir viens RFLP solis.
Alerģisko variāciju noteikšana
RAPD nevar noteikt alerģiskas variācijas.	RFLP var noteikt alerģiskas variācijas.
Nepieciešamība pēc sekvences zināšanām
RAPD nav vajadzīgas iepriekšējas secību zināšanas.	Zondes projektēšanai ir vajadzīgas iepriekšējas secības.
PCR
PCR ir saistīta ar RAPD	PCR nav saistīta ar RFLP.
Reproducējamība
RAPD ir zema reproducējamība	RFLP ir augsta reproducējamība, salīdzinot ar RAPD.

Kopsavilkums - RAPD vs RFLP

RAPD un RFLP ir svarīgi marķieri, ko izmanto molekulārajā bioloģijā. Abas metodes spēj noteikt ģenētiskās variācijas organismu starpā. RAPD tiek veikts, izmantojot nejaušus gruntējumus. RFLP tiek veikta, izmantojot īpašus restrikcijas enzīmus. Abas metodes rada DNS profilus, kas raksturīgi tikai atsevišķiem organismiem. RAPD ir iesaistīts salīdzinoši dažos soļos nekā RFLP. Bet tas rada mazāk uzticamus un reproducējamus rezultātus nekā RFLP. Šī ir galvenā atšķirība starp RAPD un RFLP.

Atsauces:
1. Dos, J. B., J. Nienhuis, P. Skroch, J. Tivang un M. K. Slocum. "RAPD un RFLP ģenētisko marķieru salīdzinājums, nosakot ģenētisko līdzību starp Brassica oleracea L. genotipiem." TAG. Teorētiskā un lietišķā ģenētika. Theoretische und angewandte Genetik. ASV Nacionālā medicīnas bibliotēka, 1994. gada marts. Web. 2017. gada 12. aprīlis
2. Pauels, Veins, Mišela Morgante, Čats Andrejs, Maikls Hanafejs, Džūlija Vogela, Skots Tingejs un Antonijs Rafalskis. “RFLP, RAPD, AFLP salīdzinājums

Attēla pieklājība:
1. “RFLP genotipēšana” (nezināms) - Nacionālie veselības institūti (publiskais īpašums), izmantojot Commons Wikimedia