Atšķirība starp līdzību un identitāti secības izlīdzināšanā

galvenā atšķirība starp līdzību un identitāti secības izlīdzināšanā ir tā līdzība ir līdzība (līdzība) starp divām sekvencēm, salīdzinot, kamēr identitāte ir rakstzīmju skaits, kas precīzi sakrīt starp divām dažādām sekvencēm.

Bioinformātika ir starpdisciplināra zinātnes nozare, kas galvenokārt ietver molekulāro bioloģiju un ģenētiku, datorzinātnes, matemātiku un statistiku. Secība līdzināšana ir svarīgs termins bioinformātikā. Tā ir procedūra, kurā DNS, RNS vai olbaltumvielu secības tiek sakārtotas, lai identificētu līdzības reģionus, kas ir sekvenču funkcionālo, strukturālo vai evolūcijas attiecību sekas. Izlīdzināšanas beigās tie tiks parādīti kā rindas matricā. Lai vienādas rakstzīmes secīgos kolosos izlīdzinātu, starp atlikumiem ir ievietotas spraugas.

SATURS

1. Pārskats un galvenās atšķirības
2. Kas ir līdzība secības izlīdzināšanā
3. Kas ir identitāte secības izlīdzināšanā
4. Līdzības starp identitāti un identitāti secības izlīdzināšanā
5. Blakus salīdzinājums - līdzība vs identitāte secības izlīdzināšanā tabulas formā
6. Kopsavilkums

Kas ir līdzība?

Līdzība secības izlīdzināšanā ir līdzība starp divām sekvencēm, salīdzinot. Šis fakts ir atkarīgs no secību identitātes. Līdzība attēlo atlikumu izlīdzināšanas pakāpi. Līdzīgās sekvencēs ir līdzīgas īpašības. Bioinformātikā līdzība ir līdzeklis, lai novērtētu līdzību starp diviem proteīniem.

01. attēls. Līdzība secības izlīdzināšanā

Secības izlīdzināšanas procesam ir divas galvenās darbības. Sākotnējais solis ir izlīdzināšana pa pāriem, kas palīdz atrast optimālu līdzinājumu starp divām sekvencēm (ieskaitot nepilnības), izmantojot tādus algoritmus kā BLAST, FastA un LALIGN. Atbilstošais algoritms atrod minimālo rediģēšanas darbību skaitu; iekšējās un aizstāšanas, lai saskaņotu vienu secību ar otru. Pēc izlīdzināšanas pa pāriem ir jāiegūst divi kvantitatīvi parametri no katra pāra salīdzinājuma. Tās ir identitāte un līdzība.

Kas ir identitāte?

Identitāte secības izlīdzināšanā ir rakstzīmju skaits, kas precīzi sakrīt starp divām dažādām sekvencēm. Tādējādi, novērtējot identitāti, atšķirības netiek ņemtas vērā. Mērījumu uzskata par saistītu ar īsāku secību starp divām sekvencēm. Tas nozīmīgi nozīmē, ka tā iedarbība ir tāda, ka sekvences identitāte nav pārejoša. Ja X = Y un Y = Z, tad X nebūt nav vienāds ar Z. Tas tiek izsecināts identitātes attāluma mēra izteiksmē.

Attēls 02: Identitāte secības izlīdzināšanā

Piemēram, X ir AAGGCTT secība, Y ir AAGGC secība un Z ir AAGGCAT secība. Identitāte starp X un Y ir 100% 5 identiski nukleotīdi / min [garums (X), garums (Y)]. Identitāte starp Y un Z ir arī 100%. Bet identitāte starp X un Z ir tikai 85% (6 identiski nukleotīdi / 7).

Kādas ir līdzības un identitātes līdzības secības izlīdzināšanā?

• Gan līdzība, gan identitāte ir divi termini, kurus mēs izmantojam secības izlīdzināšanā.
• Viņi arī atsaucas uz līdzību starp abām sekvencēm.
• Turklāt mēs tos izsakām procentos.

Kāda ir atšķirība starp līdzību un identitāti secības izlīdzināšanā?

Izlīdzināšanas līdzība norāda uz līdzību starp divām sekvencēm, salīdzinot, kamēr identitāte sekvences izlīdzināšanā norāda rakstzīmju daudzumu, kas precīzi sakrīt starp divām dažādām sekvencēm. Tāpēc šī ir galvenā atšķirība starp līdzību un identitāti secības izlīdzināšanā.

Kopsavilkums - līdzība vs identitāte secības izlīdzināšanā

Secības izlīdzināšana palīdz identificēt līdzības reģionus DNS, RNS vai olbaltumvielās, kas rodas funkcionālu, strukturālu vai evolucionāru attiecību dēļ starp sekvencēm. Tādējādi līdzība un identitāte ir divi galvenie termini secības izlīdzināšanas kontekstā. Galvenā atšķirība starp šiem diviem terminiem ir tāda, ka līdzība ir līdzība starp divām sekvencēm salīdzinājumā, kamēr identitāte ir rakstzīmju skaits, kas precīzi sakrīt starp divām dažādām sekvencēm. Tādējādi šis ir kopsavilkums par atšķirībām starp līdzību un identitāti secības izlīdzināšanā.

Atsauce:

1. “Identitāte un līdzība - kvantitatīvs pasākums”. Identitāte un līdzība - kvantitatīvs rādītājs, pieejams šeit.
2. “Secības izlīdzināšana.” Secību izlīdzināšana - Bioinformatics.Org Wiki, pieejama šeit.

Attēla pieklājība:

1. Kolekars Pandurangs - “Līdzināšana un bez izlīdzināšanas - filogēnija” - Savs darbs (CC BY 3.0), izmantojot Commons Wikimedia
2. “BLAST parauga izvade” Autors Fdardels - Savs darbs (CC BY-SA 3.0), izmantojot Commons Wikimedia