Prokariotu šūnu lielums parasti ir 0,2–2,0 mikrometri diametrā, savukārt eikariotu šūnu izmērs ir 10–100 mikrometri..
Eukariotiem tiek saukts par “īsto kodolu”, jo tas satur ar membrānām saistītus kodolus un sastāv no citiem organelliem, piemēram, lizosomām, Golgi kompleksa, endoplazmas retikuluma, mitohondrijiem un hloroplastiem, savukārt prokariotiem nav kodolenerģijas vai citu ar membrānu slēgtu organellu..
Prokariotos flagellum ir izgatavots no diviem proteīnu veidojošiem blokiem; un šūnu siena ir ķīmiski sarežģīta un izgatavota no peptidoglikāna (viena liela aminoskābju un cukura polimēra), Â kamēr eikariotu flagellum ir sarežģītāks ar vairākām mikrotubulēm un kad šūnu sienas ir ķīmiski vienkāršas.
Prokariotos šūnu dalīšana notiek ar bināru dalīšanos, un meioze nenotiek, bet tikai DNS fragmentu pārnešana notiek konjugācijas ceļā. Šūnu dalīšana eikariotos notiek caur mitozi, un seksuālā reprodukcija notiek caur meiozi.
Eikariotos plazmas membrāna sastāv no sterīniem un ogļhidrātiem. Citoplazma sastāv no citoskeletiem un ir klāt citoplazmas straumēšana. Ribosomas ir lielākas (80S) un mazākas (70S) pēc lieluma, un hromosomas ir vairākas un lineāri sakārtotas ar histoniem. Eikariotu DNS ir daudz sarežģītāks nekā prokariotu DNS.
Prokariotos plazmas membrāna nesatur ogļhidrātus vai sterīnus. Citoplazmā nav citosketetona vai citoplazmas straumēšanas. Ribosomas ir mazākas (70S) un ir ar vienu apaļu hromosomu, kas nesatur histonus.