Fat32 un NTFS tika izveidoti, lai sekotu visiem cietajā diskā esošajiem failiem. Fat (File Allocation System), kuru izveidoja Bils Geitss un Marks Makdonalds, ir vecākais no abiem, un kopš tā pirmās parādīšanās 1977. gadā ir notikušas daudz izmaiņu. Skaitlis apzīmē bitu skaitu, kas vajadzīgs, lai izsekotu failus. Fat16 ir bijis standarts diezgan ilgu laiku, līdz tirgū nonāca cietais disks ar ietilpību virs 4GB, kurā tika izveidots Fat32.
No otras puses, NTFS failu sistēma ir dzimusi no HPFS failu sistēmas, ko izmanto OS / 2, IBM un Microsoft sadarbībā. Kad darījums netika īstenots, dažas HPFS funkcijas parādījās NTFS, kad tās parādījās Windows NT platformai. Kopš tā laika tas ir izstrādāts un parādās jaunākā Windows versijā, piemēram, XP, Vista un drīzumā izlaižamā Windows 7. Microsoft pieder NTFS patents, tāpēc tā neizpauž nekādu informāciju par failu sistēmu, kas veido tikai NTFS diskus. ilgstoši lasāms Windows sistēmās, lai gan jau ir dažas linux ieviešanas, kuras spēj piekļūt NTFS diskdziņiem, bet bez tās ievērojamām funkcijām.
Fat32 ir ļoti vienkāršota un pūkas nesaturoša sistēma, kas arī ir ļoti dokumentēta. Tas patiesībā neko daudz nedara, izņemot to, kā tiek uzskaitīti faili, kur tie atrodas. Tāpēc tā ir kļuvusi par izvēlēto failu sistēmu lielākajai daļai pārnēsājamu datu nesēju, piemēram, zibatmiņas diskdziņi, mp3 atskaņotāji un atmiņas kartes..
NTFS failu sistēma ir pilnīgi pretēja, piedāvājot vairākus uzlabojumus, kas ne tikai uzlabo tā veiktspēju, bet arī drošību. Viens no tiem ir caurspīdīga failu saspiešana, kas automātiski saspiež failu, kad tas tiek ierakstīts diskā. Tas, iespējams, varētu atbrīvot vietu diskā, taču failu ielāde varētu aizņemt kādu laiku. Vēl viena ir diska kvotas, kurās sistēmas administrators var norādīt, cik lielu diska daļu konkrēts lietotājs var izmantot.
Izvēle starp NTFS un FAT32 failu sistēmām ir samērā viegls uzdevums. Vienkārši sakot, NTFS ir labāks risinājums, ja vēlaties to izvietot Windows datorsistēmā. Ne tikai ātruma uzlabojumu, bet arī daudzo funkciju dēļ. Lai gan portatīvajiem datu nesējiem tas nav ieteicams, jo lielākajai daļai ierīču un citu operētājsistēmu ir grūtības vai tās tieši nevar piekļūt NTFS diskdziņiem.