Atšķirība starp Exome un RNS secību

Galvenā atšķirība - Exome vs RNS secība
 

Nukleīnskābju secība ir paņēmiens, kas nosaka nukleotīdu secību noteiktā organisma DNS vai RNS fragmentā. Secināšana ir svarīga, lai identificētu šūnas DNS un RNS sastāvu un atšķirtu noteiktus gēnus, kas kodē funkcionālās olbaltumvielas; tādējādi secību var izmantot, lai saprastu šo gēnu mutācijas un gēnu ekspresijas. Sangera secības metode vai progresīvākās nākamās paaudzes secības noteikšanas metodes ir sekvencēšanas metodes, kuras parasti izmanto. Eksomu sekvencēšana ir visa eksonu komplekta vai kodējošo DNS reģionu secība, kas atrodas organismā, turpretī RNS secība ir Ribonukleīnskābju (RNS) secības noteikšanas procedūra.. Šī ir galvenā atšķirība starp eksomu un RNS secību.

SATURS

1. Pārskats un galvenās atšķirības
2. Kas ir Exome secība?
3. Kas ir RNS secība?
4. Exome un RNS secības līdzības
5. Salīdzinājums blakus - Exome vs RNS secība tabulas formā
6. Kopsavilkums

Kas ir Exome secība??

Exome ir genoma apakškopa, kas sastāv no noteikta organisma kodējošajiem gēniem. Kodējošos gēnus sauc par eksoniem un pārraksta mRNS un pēc tam pārveido aminoskābju secībās. Post transkripcijas modifikāciju laikā RNS splicēšanas mehānisms eikariotos noņem intronus (nekodējošos reģionus), un eksoni paliek. Exome sekvencēšana tiek veikta divos galvenajos paņēmienos: uz risinājumu balstīta un masīva bāzes.

Eksomu sekvencēšanā, izmantojot šķīdumu, DNS paraugi tiek sadrumstaloti, izmantojot restrikcijas enzīmus vai mehānisku metodi, un denaturēti ar karstumu. Šajā metodē selektīvi hibridizēšanai ar mērķa reģioniem genomā tiek izmantotas biotinilētas oligonukleotīdu zondes (ēsmas). Saistīšanas posmam tiek izmantotas magnētiskās streptavidīna lodītes. Iesiešanai seko mazgāšanas posms, kurā nesaistītās un ne-mērķtiecīgās sekvences tiek mazgātas. Tad saistītie mērķi tiek pastiprināti, izmantojot polimerāzes ķēdes reakciju (PCR), un pēc tam tiek sekvencēti, izmantojot Sangera sekvencēšanu vai nākamās paaudzes sekvencēšanas paņēmienus..

01. attēls. Exome secība

Ar masīvu balstīta metode ir līdzīga arī uz šķīdumu balstītai metodei, izņemot to, ka DNS fragmenti tiek notverti mikro masīvā, un pēc tam seko saistīšana un mazgāšanas posmi pirms secības.

Exome secību izmanto daudzos gadījumos, piemēram, slimību ģenētiskajā diagnostikā, gēnu terapijā, jaunu ģenētisko marķieru identificēšanā, lauksaimniecībā, lai identificētu dažādas labvēlīgas agronomiskās īpašības, un augu selekcijas procedūrās..

Kas ir RNS secība?

RNS secības pamatā ir transkripts, kas ir pilnīgs šūnas transkripts. RNS secības noteikšanas galvenie mērķi ir visu stenogrammas sugu kataloģizēšana, ieskaitot mRNS, nekodējošu RNS un mazu RNS, lai noteiktu gēnu transkripcijas struktūru un kvantitatīvi noteiktu katra transkripta ekspresijas līmeņus attīstības laikā. RNS sekvencēšanas laikā sākotnēji sekvencēšanai tika izmantotas hibridizācijas tehnoloģijas (kas bija komplementāra DNS, kas iegūta no nobriedušu mRNS sekvencēm). Pašlaik RNS secībai tiek izmantota precīzāka un uzlabota caurskatīšanas tehnika.

02 attēls: RNS secība

RNS secībā RNS paraugu, kas var būt kopēja RNS vai frakcionēta RNS, pārvērš par tā komplementāro DNS (cDNS), izmantojot reverso transkripciju, un sagatavo cDNS bibliotēku. Katrs cDNS fragments ir pievienots adapteriem abās pusēs (pāra galu sekvencēšana) vai vienā pusē (viena gala sekvencēšana). Šīs iezīmētās sekvences tiek secētas, izmantojot Sangera sekvencēšanu vai nākamās paaudzes, piemēram, eksoma sekvencēšanu.

Kādas ir Exome un RNA secības līdzības??

• Exome vai RNS secībai var izmantot īsus atlasītus fragmentus vai visu DNS / RNS komplektu.
• Secinātie fragmenti tiek saglabāti bibliotēkās.
• Var izmantot Sangera secību vai nākamās paaudzes secību.
• Abas ir sekvencēšanas metodes in vitro.
• Secīgos fragmentus var noteikt ar fluorescējošām atzīmēm.

Kāda ir atšķirība starp Exome un RNS secību?

Exome vs RNA secība
Exome sekvencēšana ir visa eksonu komplekta vai kodējošo DNS reģionu secība, kas atrodas organismā.	RNS secība attiecas uz Ribonukleīnskābju (RNS) secības noteikšanas procedūru; stenogramma.
Sākuma paraugs
Genomu DNS ir eksoma sekvencēšanas sākuma paraugs.	RNS ir RNS secības sākuma paraugs.
Sastāvs
Tas satur tikai kopējā DNS kodējošos reģionus, kas pazīstami kā Exons	Tas satur RNS-mRNS / transkriptu.
Secība
Pastāv divas galvenās eksomu secības noteikšanas metodes; uz risinājumiem balstītas un uz masīvu balstītas tehnoloģijas.	RNS secību veic, sagatavojot cDNS bibliotēku, ekstrahējot kopējo RNS vai sadrumstalotu RNS.

Kopsavilkums - Exome vs RNS secība

Exome ir viss organisma kodējošo reģionu komplekts, un metodes, kas saistītas ar precīzas Exome nukleotīdu secības noteikšanu, ir zināmas kā eksomu sekvencēšana. RNS secība ir paņēmiens, ar kuru nosaka organisma RNS nukleotīdu secību. Šī ir atšķirība starp eksomu un RNS secību.

Lejupielādējiet Exome vs RNA secības PDF versiju

Varat lejupielādēt šī raksta PDF versiju un izmantot to bezsaistes vajadzībām, kā norādīts citēšanas piezīmē. Lūdzu, lejupielādējiet šeit PDF versiju. Atšķirība starp Exome un RNA secību

Atsauces:

1.Wang, Zhong, et al. “RNA-Seq: revolucionārs transkriptikas rīks.” Atsauksmes par dabu. Ģenētika, ASV Nacionālā medicīnas bibliotēka, 2009. gada janvāris, pieejama šeit. Piekļuve 2017. gada 3. septembrim.
2.Warr, Amanda, et al. “Exome secēšana: pašreizējā un nākotnes perspektīva.” G3: Gēni | Genomi | Ģenētika, Amerikas Ģenētikas biedrība, 2015. gada augusts, pieejama šeit. Piekļuve 2017. gada 3. septembrim.

Attēla pieklājība:

1. “Exome sekvencēšanas darbplūsma 1a”, autori: Malači Grifits, Džeisons R. Valkers, Nikolass C. Spiess, Bendžamins J. Ainskofs, Obi L. Grifits - (CC BY 2.5), izmantojot Commons Wikimedia
2. SarahKusala “Journal.pcbi.1004393.g002” - Savs darbs (CC BY 3.0), izmantojot Commons Wikimedia