Atšķirība starp Exome un Transcriptome

Galvenā atšķirība - Exome vs Transcriptome
 

Gēns tajā satur kodēšanas un nekodēšanas reģionus. Kodēšanas sekvences ir zināmas kā eksoni, un nekodējošās secības ir zināmas kā introni. Gēna eksonu nukleotīdu secība attēlo gēna ģenētisko kodu specifiskā proteīna sintezēšanai. Tādējādi mRNS molekulā paliek eksoni. Kopējais genoma eksonu reģions ir pazīstams kā exome, un tā ir svarīga genoma sastāvdaļa. Gēnu ģenētiskais kods tiek pārveidots par mRNS molekulas ģenētisko kodu, kas nepieciešams olbaltumvielu ražošanai. Visas mRNS molekulas, kas vienlaikus tiek transkribētas šūnā vai šūnu populācijā, ir pazīstamas kā transkripts. Galvenā atšķirība starp eksomu un transkriptu ir tā exome attēlo genoma eksonu reģionu secības kamēr transkripts attēlo kopējo šūnas vai audu mRNS noteiktā laikā.

SATURS
1. Pārskats un galvenās atšķirības
2. Kas ir Exome?
3. Kas ir Transcriptome
4. Salīdzinājums blakus - Exome vs Transcriptome
5. Kopsavilkums

Kas ir Exome?

Gēnus veido eksoni, introni un regulējošās sekvences. Eksoni ir gēnu reģioni, kurus transkripcijas laikā pārraksta mRNS secībā. Transkripcijas laikā tiek noņemti introni un citi nekodējošie reģioni. Eksonu nukleotīdu secība nosaka gēna ģenētisko kodu, kas sintezē specifisko olbaltumvielu, kuru tas kodē. Olbaltumvielu mRNS paliek tikai eksoni. Eksonu kolekcija genomā tiek dēvēta par organisma eksomu. Tas attēlo genoma daļu, kas izteikta gēnos. Cilvēkiem exome veido 1% no genoma. Tā ir cilvēka genoma olbaltumvielas kodējošā daļa.

01. attēls. Exome

Kas ir Transcriptome?

Transkripts ir visu olbaltumus kodējošo un nekodējošo transkriptu (RNS) kolekcija noteiktā audā. Transcriptome attēlo kopējo mRNS molekulu kolekciju, ko šūnā vai audos pauž gēni. Šūnas transkriptu var variēt ar cita šūnas tipa transkriptu. Transkripts ir arī dinamisks - tas mainās ar laiku, reaģējot gan uz iekšējiem, gan ārējiem stimuliem. Pat tajos pašos audos vai viena veida šūnās transkriptoms var mainīties pēc dažām minūtēm.

Transkripts atšķiras no organisma eksomēzes. Transkriptā ir iekļautas tikai izteiktas eksomu sekvences. Lai arī šūnas eksoms paliek tāds pats, transkripts šūnās atšķiras, jo gēnu ekspresija nav vienāda visām šūnām vai audiem. Tikai svarīgi gēni tiek izteikti dažādās šūnās un audos. Gēnu ekspresija ir audu vai šūnu tips specifisks process. To regulē dažādi faktori, ieskaitot vides faktorus. Tāpēc transkripts var mainīties atkarībā no ārējiem vides apstākļiem.

Transkriptu izmanto kā proteomikas pētījumu priekšteci. Visas olbaltumvielas ir iegūtas no mRNS sekvencēm. Translācijas modifikācijas var izraisīt olbaltumvielu izmaiņas. Tomēr transkripts sniedz svarīgu pamatinformāciju proteomikas pētījumiem.

02. Attēls. Embrionālo cilmes šūnu transkripts

Kāda ir atšķirība starp Exome un Transcriptome?

Exome vs Transcriptome
Exome ir olbaltumvielu kodējošā gēnu reģiona kolekcija.	Transcriptome ir visu transkribēto RNS, ieskaitot mRNS, kolekcija.
Paraugs
Exome tiek pētīts, izmantojot DNS paraugu.	Transkriptu pēta, izmantojot RNS paraugu.
Studiju metode
Exome secības noteikšana ir exome izpētes metode.	RNS sekvencēšana ir transkriptomas izpētes metode.

Kopsavilkums - Exome vs Transcriptome

Eksoni ir gēnu kodējošās secības un nosaka olbaltumvielu mRNS sekvences. Šo kodējošo secību (eksonu) kolekcija ir zināma kā organisma eksoms. Gēni pirms olbaltumvielu iegūšanas tiek transkribēti mRNS molekulās. Šūnas vai audu kopējās mRNS molekulas jebkurā laikā ir zināmas kā transkriptomas. Transcriptome attēlo gēnus, kas jebkurā laikā tiek aktīvi ekspresēti mRNS. Transkripts ir specifisks šūnām un audiem, un tas ietekmē apkārtējās vides apstākļus. Šī ir atšķirība starp eksomu un transkriptu.

Atsauces:
1.Sāra un citi, “Mērķtiecīga uztveršana un divpadsmit cilvēku iznākumu masveidā paralēla secība”. Daba. ASV Nacionālā medicīnas bibliotēka, 2009. gada 10. septembris. Tīmeklis. 2017. gada 01. aprīlis
2.Mutz et al. “Transkripta analīze, izmantojot nākamās paaudzes secību.” Elsevier: rakstu meklētājs. N.p., 2012. gada septembris. Tīmeklis. 2017. gada 01. aprīlis

Attēla pieklājība:
1. “Pluripotentu šūnu transkripts”, autori Grskovic, M. un Ramalho-Santos, M., Pluripotents transcriptome (2008. gada 10. oktobris), StemBook, ed. Cilmes šūnu pētniecības kopiena, StemBook, doi / 10.3824 / stembook.1.24.1, http://www.stembook.org. - [1] DirectStemBook 2. attēls. Pluripotentu šūnu stenogramma.Grskovic, M. un Ramalho-Santos, M., Pluripotents transcriptome (2008. gada 10. oktobris), StemBook, ed. Cilmes šūnu pētniecības kopiena StemBook, doi / 10.3824 / stembook.1.24.1, (CC BY 3.0), izmantojot Commons Wikimedia