Atšķirība starp hierarhisko un visa genoma bise secību

galvenā atšķirība starp hierarhisko un visa genoma bise sekvencēšanu ir tā hierarhiskā bise sekvencēšanas gadījumā genoms tiek sadalīts lielākos fragmentos pirms sekvencēšanas, savukārt visa genoma bise sekvencēšanas gadījumā viss genoms tiek sadalīts mazos fragmentos sekvencēšanai.

Sekvencēšana ir svarīgs paņēmiens molekulārajos procesos, jo īpaši sugu precīzā identificēšanā. Faktiski tas ir paņēmiens, kā identificēt precīzu nukleotīdu secību gēnā vai genomā. Sekvenēšanai ir daudz paņēmienu. Daži no tiem ietver Maksama Gilberta metodi, Sangera metodi un automatizēto Sangera metodi.

SATURS

1. Pārskats un galvenās atšķirības
2. Kas ir hierarhiskā šāviena secība
3. Kas ir visa genoma bise sekvencēšana
4. Hierarhiskās un visa genoma bise secības līdzības
5. Salīdzinājums blakus - hierarhiska vs visa genoma bise secība tabulas formā
6. Kopsavilkums

Kas ir hierarhiskā šāviena secība?

Hierarhiskā šāviena secība ir viena no secības metodēm. To sauc arī par “lejupejošu secību”. Turklāt šī metode sastāv no diviem posmiem: pirmais solis ir genoma pastiprināšana, bet otrais - genoma sadrumstalotība. Šajā metodē vispirms genoms tiek sadalīts lielos fragmentos. Pēc tam seko šo lielo fragmentu klonēšana dažādos saimniekos, izmantojot vektorus vai mākslīgās hromosomas. Pēc tam šie rekombinantie vektori tiek sakārtoti bibliotēkā. Bise sekvenēšanas laikā rekombinantie vektora kloni tiek sekvencēti individuāli. Klonu fragmenti tiek restrikcijas sadalīti, lai vēl vairāk samazinātu genoma izmēru, tādējādi veicot sekvencēšanu.

01. attēls. Hierarhiskā šāviena secība

Hierarhiskas šāviena secības noteikšanas laikā lielie fragmentu gabali pirms sašaušanas secības ir jāsakārto secībā. Tas notiek ar molekulāro marķieru palīdzību, kas tiek iekļauti klonēšanas procesā.

Hierarhiskā šāviena secība rada zemas izšķirtspējas gēnu karti. Bet tas izveido sakārtotu secības karti. Tādējādi tas prasa ilgāku laiku nekā tieša secība. Rekombinanto vektoru bibliotēkas izveidošanas dēļ viss process kavējas. Vai tā ir arī darbietilpīga tehnika. Tomēr šobrīd tehnika ir automatizēta, lai atvieglotu darbu.

Kas ir visa genoma bise sekvencēšana?

Visa genoma bise sekvencēšana ir viena soļa secības process. Šajā procesā vispirms notiek visa genoma cirpšana. Pēc tam katrs no šiem mazajiem fragmentiem tiek nejauši sadalīts secībā. Pabeidzot secību, notiek secību analīze. Secību analīzes laikā pārklājošās sekvences tiek noņemtas, un analīze nav pasūtīts process. Tāpēc secību montāža ir mazāk efektīvs process, salīdzinot ar hierarhisko šāviena secību. Tomēr visa genoma bise sekvencēšanas process ir ātrāks, un visa genoma analīze var notikt vienā gadījumā.

Kādas ir līdzības starp hierarhisko un visa genoma bise secību?

• Hierarhiskā un visa genoma bise sekvencēšana ir divas secīgas pieejas.
• Abas iziet Sanger sekvencēšanu vai automatizētas Sanger secības metodes.
• Viņi ir iesaistīti DNS un RNS fragmentu secībā.
• Turklāt abas metodes ir svarīgas molekulārās diagnostikas un pētījumu vajadzībām.
• Pašlaik abas tehnikas ir automatizētas vai datorizētas.
• Abas tehnikas balstās uz genoma sadrumstalotību.

Kāda ir atšķirība starp hierarhisko un visa genoma bise secību?

Hierarhiskā šāviena secība rada lielāka izmēra fragmentus, salīdzinot ar visa genoma šāviena secību, kas darbojas ar maziem secību fragmentiem. Tātad, šī ir galvenā atšķirība starp hierarhisko un visa genoma bise sekvencēšanu. Turklāt hierarhiskā šāviena secība sastāv no diviem lieliem soļiem, savukārt visa genoma bise sekvencēšana balstās uz vienu galveno soli.

Turklāt vēl viena atšķirība starp hierarhisko un visa genoma bise sekvencēšanu ir tā, ka visa genoma bise pistole secībā ir augstāka nekā hierarhiskā bise pistole secībā.

Zemāk esošajā infografikā ir apkopota atšķirība starp hierarhisko un visa genoma bise sekvencēšanu.

Kopsavilkums - hierarhiska vs visa genoma bise secība

Hierarhiska un visa genoma bise sekvencēšana ir divi paņēmieni lielu genomu secībai. Hierarhiskā šāviena secība ir divpakāpju secības process, kurā genoms tiek sadalīts lielākos fragmentos. Turpretī visa genoma bise sekvencēšana ir viena soļa sekvencēšana, kurā genoms tiek sadalīts mazos fragmentos un tieši sekvencēts. Tādējādi šī ir galvenā atšķirība starp hierarhisko un visa genoma bise sekvencēšanu. Turklāt abu paņēmienu tehniskie aspekti var atšķirties.

Atsauce:

1. Vaterstons, Roberts H, et al. “Par cilvēka genoma secēšanu.” Amerikas Savienoto Valstu Nacionālās zinātņu akadēmijas materiāli, Nacionālā zinātņu akadēmija, 2002. gada 19. marts, pieejami šeit.
2. Pal, Šital. “Genoma secēšana.” LinkedIn SlideShare, 2014. gada 4. novembris, pieejams šeit.

Attēla pieklājība:

1. “Visa genoma bise sekvencēšana salīdzinājumā ar hierarhisko bise pistole sekvencēšana. Autori: Commins, J., Toft, C., Fares, M. A. -“ Aprēķināšanas bioloģijas metodes un to piemērošana kukaiņu endocelulāro simbiotisko baktēriju salīdzinošajā genomikā. ” Biol. Procedūras tiešsaistē (2009). Piekļuve, izmantojot SpringerImages (CC BY-SA 2.5), izmantojot Commons Wikimedia