Atšķirība starp PCR primeriem un secīgās gruntēšanas līmeņiem
Share
Galvenā atšķirība - PCR gruntnieki vs Secība Gruntnieki
Līdz ar nesenajiem sasniegumiem molekulārās bioloģijas jomā tika izstrādātas dažādas ģenētiskās metodes, kas atviegloja un precīzi padarīja subjekta dažādo virzienu izmeklēšanas procesus. PCR un citas sekvencēšanas procedūras ir divas svarīgas šādas metodes. Viņi izmanto dažādus apakškomponentus. Gruntējumi tiek uzskatīti par galveno apakškomponentu, kas kopīgs gan PCR, gan secības noteikšanas metodēm. PCR praimeri tiek izmantoti noteiktas DNS sekvences amplifikācijai, kamēr sekvivalences praimeri tiek izmantoti DNS fragmenta sekvenēšanas kontekstā ar nolūku atklāt tā specifisko nukleotīdu secības secību. Tas ir galvenā atšķirība starp PCR praimeriem un sekvencēšanas praimeriem.
SATURS
1. Pārskats un galvenās atšķirības
2. Kas ir PCR grunti?
3. Kas ir sekvencējošie grunti?
4. Līdzības starp PCR primeriem un secības gruntiem
5. Salīdzinājums blakus - PCR grunti un secīgi gruntējumi tabulas formā
6. Kopsavilkums
Kas ir PCR gruntētāji??
Polimerāzes ķēdes reakcija (PCR) ir ģenētiska tehnika, ko izmanto molekulārās bioloģijas jomā, lai pastiprinātu vienu vai dažus kopijas noteiktā DNS segmentā un iegūtu daudzus miljonus identisku kopiju. PCR reakcijā tiek izmantoti dažādi komponenti, ieskaitot grunti. Praimeri ir īsi DNS virzieni ar nukleotīdu garumu 18-25, padarot tos saderīgus ar amplificējamo DNS fragmentu sākuma un beigu reģionu. Gruntskrāsas var būt priekšējās grunts un reversās grunts. Šie grunti saistās ar DNS fragmentu specifiskos punktos, kur tas liek DNS polimerāzei saistīties ar specifisko grunti vietā un sākt jaunās DNS virknes sintēzi.
Praimeru atlase ir svarīgs PCR procesa aspekts. Gruntējuma garuma izvēlei ir liela nozīme. Ideālais garums būtu 18-25 nukleotīdi. Ja garums ir pārāk īss vai pārāk garš, praimeri nesaistīsies ar precīzi amplificējamu DNS secību. Pārāk īsa garuma grunti noved pie nespecifiska grunts atkvēlināšanas dažādās DNS sekvences vietās.
01. attēls: PCR grunti
Guanīna un citozīna (GC) saturam labā gruntī jābūt diapazonā no 40 līdz 60. Grunts atlaidināšanas temperatūra un kušanas temperatūra ir svarīgi faktori PĶR laikā. Kušanas temperatūra jāaprēķina precīzi, un grunts atlaidināšanas temperatūrai jābūt 5 0C zemāka par kušanas temperatūru. Kušanas temperatūrai jābūt 60 ° C un 75 ° C. Pārāk augsta vai pārāk zema temperatūra izraisīs mazāk aktīvu DNS polimerāzes aktivitāti.
Kas ir sekvencējošie grunti?
Sekvenēšanas praimeri tiek izmantoti DNS fragmenta sekvenēšanas kontekstā ar nolūku atklāt tā specifisko identitāti. Lai iegūtu labus secības rezultātus, ir svarīgi augstas kvalitātes grunti un veidnes. Tādējādi, kad tiek izvēlēti grunti, tiem vajadzētu būt unikāliem noteiktā reģionā, kurā mēs vēlamies secību. Tam vajadzētu būt arī ar pareizu orientāciju, kur sekvences parasti tiek ģenerētas no 3 'līdz 5' gruntēšanas galiem. Secībai nevajadzētu trūkt nevēlamas pašhibridizācijas, piemēram, matadata cilpu veidošanās. Tam nevajadzētu saturēt secīgu guanīna bāzu veidošanos.
Gruntējuma kušanas temperatūrai (Tm) jābūt piemērotai sekvencēšanas apstākļiem. Tāpēc tam vajadzētu būt starp 52oC un 74oC. Oligonukleotīdu sagatavošana, kas izmantojami kā gruntējums, ir jāattīra, lai iegūtu vēlamo secības pilnu garumu. Ja oligonukleotīdi satur piemaisījumus, praimeru secības signāli tiks pārklāti no dažādām gruntēšanas vietām, un tas arī samazinās bāzes šūnu skaitu.
02 attēls: Gruntēšanas secība
Oligonukleotīda grunts kušanas temperatūra (Tm) nosaka, cik spēcīgi komplementārie DNS virzieni ir hibridizēti savā starpā. Tm var uzskatīt par termodinamisko aprēķinu, ja tas ir atkarīgs no abām DNS sekvencēm un vairākiem apstākļiem, piemēram, sāls koncentrācijas. Tm ir svarīga PĶR laikā, kad tiek izmantots variants, ko sauc par cikla secību, lai iegūtu dideoksinukleotīdu izbeigtu fragmentu grupu. Šeit sākotnēji sekvencētais gruntējums tiks alternatīvi atkvēlināts, pēc tam pagarināts un visbeidzot denaturēts pastiprināšanai. Tāpēc Tm vērtībai jābūt starp 52oC un 74o C. Sintētiskos oligonukleotīdus pēc izvēles var iegūt DNS / RNS sintēzes laboratorijās. Neliels sintēzes mērogs, ko izmanto DNS secēšanai, parasti ir 50 nmol. Vissvarīgākais ir arī tas, ka sekvencēšanai izmantotie grunti ir jāattīra, lai nebūtu piemaisījumu, kas neļaus samazināt kvalitāti.
Kādas ir līdzības starp PCR primeriem un secīgo gruntēšanu?
- Gan PCR grunti, gan sekvencējošie grunti ir grunti, ko izmanto mērķētas DNS sekvences amplifikācijas procesā.
- Gan PCR grunti, gan sekvencējošie grunti ir sastāv no nukleotīdiem.
- Gan PCR, gan sekvencējošie grunti ir īsi oligomēri.
Kāda ir atšķirība starp PCR primeriem un secīgo gruntēšanu?
PCR grunti salīdzinājumā ar secīgo grunti | |
| PCR praimeri ir īsas DNS virknes ar nukleotīdu sekvences garumu 18-25, padarot tās savietojamas ar amplificējamo DNS fragmentu sākuma un beigu zonu. | Sekvenējošie praimeri ir īsi oligomēri, kurus izmanto DNS fragmenta sekvencēšanas kontekstā ar nolūku atklāt tā specifisko identitāti. |
| Funkcija | |
| PCR praimeri tiek izmantoti noteiktas DNS sekvences amplifikācijai. | Sekvenēšanas praimeri tiek izmantoti DNS fragmenta sekvenēšanas kontekstā ar nolūku atklāt tā specifisko identitāti. |
| Nepieciešamais gruntējumu skaits | |
| Divi grunti; kā PCR praimeri tiek izmantoti viens priekšējais grunts un viens reversais grunts. | Kā sekvenējošs gruntējums ir nepieciešams tikai viens gruntējums. |
Kopsavilkums - PCR gruntnieki vs Secība Gruntnieki
Sekvenēšanas praimeri tiek izmantoti DNS fragmenta sekvenēšanas kontekstā ar nolūku atklāt tā specifisko identitāti. Procesa izpildei pietiks ar vienu sekvencēšanas grunti. Lai iegūtu labus secības rezultātus, ir svarīgi augstas kvalitātes grunti un veidnes. Tādējādi, kad tiek izvēlēti grunti, tiem vajadzētu būt unikāliem noteiktā reģionā, kurā mēs vēlamies secību. PCR praimeri ir īsi DNS virzieni ar nukleotīdu garumu 18-25, kas ir savietojams ar amplificējamo DNS fragmentu sākuma un beigu reģionu. PCR praimeri var būt gan sākotnējie, gan reversie. Guanīna un citozīna (GC) saturam labā gruntī jābūt diapazonā no 40 līdz 60. Grunts atlaidināšanas temperatūra un kušanas temperatūra ir svarīgi aspekti PCR laikā. Šī ir atšķirība starp PCR praimeriem un Sequencing praimeriem.
Atsauce:
1. “Polimerāzes ķēdes reakcija (PCR).” Hanas akadēmija. Pieejams šeit
2. “Gruntēšanas un secības secības noteikšana.” Sekvenējošie grunti un grunts dizains | Universitātes DNS pamatpakalpojumi | Kalgari universitāte. Pieejams šeit
Attēla pieklājība:
1.'Primers RevComp'By Zephyris - Savs darbs, (CC BY-SA 3.0), izmantojot Commons Wikimedia
2.'DNA Sequencin 3 marķēšanas metodes'Bijs Abizars (oriģinālais augšupielādētājs) angļu valodas Vikipēdijā - pārsūtījis Gustavocarra., (Public Domain), izmantojot Commons Wikimedia
