Atšķirība starp zondi un grunti

Galvenā atšķirība - zonde vs Primer
 

Molekulārā zonde ir neliels DNS vai RNS fragments, kas atpazīst komplementārās secības DNS vai RNS un ļauj identificēt mērķa secību. Primer ir neliels DNS vai RNS posms, kas kalpo par sākumu DNS sintēzei. Praimeri un zondes hibridizējas ar šablona DNS vai mērķa DNS komplementāriem nukleotīdiem. Tomēr galvenā atšķirība starp zondi un grunti ir tā praimeri ir nepieciešami DNS replikācijai, savukārt zondes ir vajadzīgas specifisku secību noteikšanai parauga DNS.

SATURS
1. Pārskats un galvenās atšķirības
2. Kas ir zonde
3. Kas ir Primer
4. Blakus salīdzinājums - zonde vs Primer
5. Kopsavilkums

Kas ir zonde?

Zonde ir neliels DNS vai RNS fragments, ko izmanto mērķa DNS vai RNS noteikšanai paraugā ar molekulārās hibridizācijas palīdzību. Tos sauc arī par molekulārie marķieri. Zondes garums var mainīties (no 100 līdz 1000 bāzēm), un zondes nukleotīdi papildina mērķa sekvences daļu. Noteikšanas ērtībai zondes ir marķētas ar radioaktīviem izotopiem vai ar fluorescējošām krāsvielām vai antivielām. Zondes saistās ar mērķa sekvences komplementārajām bāzēm un atklāj mērķa DNS vai RNS klātbūtni paraugā. Zondu marķēšanai ir divas galvenās metodes: beigu marķēšana un segvārdu tulkošana. Zondes tiek iedalītas dažādos veidos, ieskaitot DNS zondes, RNS zondes, cDNa zondes un sintētiskās oligonukleotīdu zondes, un tās sagatavo, izmantojot dažādas metodes.

Zondes ir nozīmīgi instrumenti daudzos mikrobu un molekulāros apgabalos, piemēram, virusoloģijā, tiesu medicīnas patoloģijā, paternitātes pārbaudē, DNS pirkstu nospiedumu noņemšanā, ģenētisko slimību noteikšanā, RFLP, molekulārā citoģenētikā., in situ hibridizācija utt.

01. attēls: ar fluorescējoši marķētu zondi, ko izmanto FISH patogēnu noteikšanai

Kas ir gruntējums?

Primer ir īss DNS vai RNS fragments, kas kalpo par DNS sintēzes iniciatoru. DNS polimerāzes enzīms pievieno nukleotīdus 3 'OH grupas grunts secībā un sintezē jauno virkni, kas papildina matricas DNS. Praimeri ir ļoti īsi fragmenti ar garumu no 18 līdz 20 nukleotīdiem. Tie tiek ķīmiski sintezēti laboratorijā in vitro DNS amplifikācija (PCR). Praimeriem var būt jebkura nukleotīdu secība, jo tos ir izstrādājis lietotājs. Tie tiek sintezēti, lai tie sakristu ar DNS šablona papildinošajām bāzēm. Tāpēc tajā var būt jebkura nukleotīdu secība. Primeriem ir ārkārtīgi liela nozīme DNS replikācijā, jo DNS polimerāze nespēj sintezēt jaunu DNS bez iepriekš esoša DNS gabala. Izstrādājot PCR grunti, jāņem vērā šādas lietas:

• Praimeriem jāsatur papildinošie nukleotīdi to DNS blakus esošajam galam, kas vēlas amplificēties.
• Gruntskrāsu kušanas temperatūrai jābūt no 55 līdz 65 ⁰C
• G un C saturam jābūt no 50 līdz 60%.

Divus praimerus izmanto PCR kā priekšu un atpakaļ, lai replicētu abus parauga DNS virzienus. Praimeri parasti tiek izmantoti PCR un DNS secības noteikšanai.

02 attēls: Primer atkvēlināšana PCR

Kāda ir atšķirība starp zondi un Primer?

Zonde pret grunti
Zonde ir neliels DNS / RNS fragments, ko izmanto mērķa sekvences klātbūtnes noteikšanai paraugā ar molekulāro hibridizāciju.	Primer ir neliels DNS vai RNS posms, kas kalpo par sākumpunktu DNS replikācijai.
Funkcija
Tas nosaka noteiktas sekvences klātbūtni DNS vai RNS paraugā.	Tas darbojas kā DNS sintēzes sākumpunkts.
Garums
Garums var būt diapazonā no 100 līdz 1000 bāzēm	Garums parasti ir apmēram 18 - 20 bāzes
Iesiešana ar papildinošu secību
Zonde hibridizējas ar mērķa sekvences komplementārajām bāzēm	Grunts atkvēlināšana ar DNS virkņu komplementārajām bāzēm.
Marķēšana
Zondes ir marķētas, lai atvieglotu atklāšanu	Gruntskrāsas parasti nav marķētas
Lietošana PCR
Zondes PCR neizmanto	PCR tiek izmantoti grunti

Kopsavilkums - zonde vs Primer

Zonde ir neliels DNS vai RNS sekvences fragments, ko var hibridizēt ar komplementāriem nukleotīdiem, lai paraugā noteiktu mērķa secību. Zondes tiek marķētas radioaktīvi, imunoloģiski vai fluorescējoši, lai redzētu mērķa sekvences klātbūtni. Primer ir ļoti mazs DNS vai RNS fragments, kas darbojas kā sākumpunkts in vitro DNS pastiprināšana. DNS polimerāze identificē 3 'OH grupas grunti un uzsāk jaunas, šablonam papildinošas virknes veidošanu. Zondes un praimeri darbojas līdzīgi, hibridizējot ar komplementāriem nukleotīdiem. Tādējādi galvenā atšķirība starp zondi un grunti ir to galvenā funkcija.

Atsauce:
1. “Primer (molekulārā bioloģija).” Wikipedia. Wikimedia Foundation, 2017. gada 2. februāris. Web. 2017. gada 01. marts.
2. “Hibridizācijas zonde.” Wikipedia. Wikimedia Foundation, 2016. gada 30. decembrī. Tīmeklis. 2017. gada 01. marts
3. “Primer (molekulārā bioloģija).” Primer (molekulārā bioloģija) - ScienceDirect tēmas. N.p., n.d. Web. 2017. gada 01. marts

Attēla pieklājība:
1. Pepetps Togopic Ivan Akira Magnus Manske “FISH baktēriju patogēnu identificēšanai” Timotijs W. Fords - (CC BY-SA 3.0), izmantojot Commons Wikimedia
2. Ričards Vīlers (Zephyris) “Primers RevComp Melted2” - Savs darbs (CC BY-SA 3.0), izmantojot Commons Wikimedia