Atšķirība starp gadījuma gruntniekiem un Oligo dT

galvenā atšķirība starp izlases gruntiem un oligo dT ir tas nejaušais gruntējums ir visu iespējamo heksameru oligonukleotīdu secību sajaukums, savukārt oligo dT gruntējums sastāv no 12-18 dezoksimidīnu vienpavedienu kārtas.

Reversā transkripcija ir mehānisms, kurā cDNS var sintezēt, izmantojot mRNS vai jebkuru RNS sugu. Lai iegūtu cDNS, ir jānodrošina reversās transkriptāzes enzīms un citi nepieciešamie komponenti, jo īpaši šablons un praimeri. Praimeri ir īsās DNS sekvences, kas īpaši paredzētas mērķa sekvenču pastiprināšanai. Nejaušās praimeri un oligo dT praimeri ir divi izplatīti praimeru veidi, ko izmanto apgrieztā transkripcijā. Tāpēc izlases gruntējums vai oligo dT praimers ir īsas DNS oligonukleotīdu sekvences, kas vajadzīgas reversajai transkriptāzei, lai sāktu reverso transkripciju. Atkarībā no RNS šablona piemērotu praimeri var izvēlēties no šiem diviem praimeru veidiem.

SATURS

1. Pārskats un galvenās atšķirības
2. Kas ir izlases grunti 
3. Kas ir Oligo dT
4. Līdzības starp izlases gruntniekiem un Oligo dT
5. Salīdzinājums blakus - izlases grunti un Oligo dT tabulas formā
6. Kopsavilkums

Kas ir izlases grunti?

Nejaušs gruntējums ir oligonukleotīdu maisījums, kas pārstāv visas iespējamās heksameru secības. Nejaušības principa gruntēšanas secība ir 5 '- d (NNNNNN) -3' N = G, A, T vai C. Tāpēc nejaušības principus var izmantot vienpavediena DNS vai RNS pastiprināšanai ar DNS polimerāzes vai reversās transkriptāzes palīdzību, attiecīgi. Bez tam, nejaušs grunts maisījums spēj amplificēt visus RNS reģionus, lai iegūtu cDNS. Tādējādi tas rada dažāda garuma cDNS.

01. attēls. Nejaušie grunti

Vissvarīgākais ir tas, ka nejaušs gruntējuma maisījums neuzrāda veidnes specifiskumu. Tas nespēj atšķirt mRNS un citas RNS sugas. Un tas rūda ar visām parauga RNS sugām. Tomēr izlases veida grunts maisījums ir piemērots RNS reversai transkripcijai bez poli (A) astes, piemēram, rRNS, tRNS, nekodētām RNS, mazām RNS, prokariotu mRNS utt., Noārdītā RNS un RNS ar zināmām sekundārajām struktūrām.

Kas ir Oligo dT?

Oligo dT gruntējums ir 12-18 dezoksietilamīna (dT) posms. Gruntēšanas secību var attēlot kā 5'-d (TTT TTT TTT TTT TTT TTT) -3. To izmanto cDNS ražošanai no mRNS, kas satur poli (A) asti. Būtībā tas darbojas kā grunts reakcijai, ko katalizē reversā transkriptāze. Reversās transkripcijas laikā oligo dT gruntējums tiek atkvēlināts ar poliadenilēto asti, kas atrodas vairuma eikariotu mRNS 3 'galā, un sāk procesu.

Attēls 02: Reversā transkripcija, izmantojot Oligo dT Primer

Atšķirībā no nejaušības principa, oligo dT gruntējums nav piemērots noārdītām RNS vai RNS, kurām trūkst poli (A) astes, ieskaitot prokariotu RNS un mikroRNS.

Kādas ir līdzības starp nejaušajiem gruntētājiem un Oligo dT?

• Nejaušs gruntējums un oligo dT gruntējums ir divu veidu grunti, ko izmanto reversā transkripcijā un veidojot cDNS.
• Izmantojot nejaušības principa un oligo dT grunti, kopā palielinās cDNS sintēzes jutīgums.
• Tās ir vienas virknes īsas nukleotīdu sekvences.

Kāda ir atšķirība starp izlases gruntniekiem un Oligo dT?

Nejaušs gruntējums ir īsa oligonukleotīdu secība, kas sastāv no nejaušas secības. Tikmēr oligo dT gruntējums ir īsa virkne, kas sastāv no 12 līdz 18 dezoksimidīniem. Tātad, šī ir galvenā atšķirība starp izlases gruntiem un oligo dT. Nejauša gruntējuma secība ir 5 '- d (NNNNNN) -3' N = G, A, T vai C. Tā kā oligo dT gruntējuma secība ir 5'-d (TTT TTT TTT TTT TTT TTT TTT) -3 ' . Tāpēc mēs to varam uzskatīt par vēl vienu atšķirību starp izlases gruntiem un oligo dT.

Turklāt nejaušiem gruntiņiem nav šablonu specifiskuma un tie rūdās ar jebkuru RNS sugu, savukārt oligo dT praimeri parāda specifiskumu eukariotu mRNS poli (A) astes.

Zemāk esošajā infografikā ir apkopota atšķirība starp nejaušības principiem un oligo dT.

Kopsavilkums - Nejaušie grunti un Oligo dT

Nejaušs gruntējums un oligo dT gruntējums ir divu veidu grunti, ko izmanto cDNS sintēzē. Nejaušs gruntējums sastāv no oligonukleotīdu maisījuma, kas attēlo visas iespējamās heksameru secības, savukārt oligo dT gruntējums ir vienpavedienu secība no 12 līdz 18 dezoksimidīniem. Tātad, šī ir galvenā atšķirība starp izlases gruntiem un oligo dT. Turklāt oligo dT praimeri ir noderīgi pilna garuma RNS reversai transkripcijai ar poli (A) asti, savukārt izlases praimeri ir noderīgi reversai transkripcijai lielākajai daļai RNS sugu, ieskaitot noārdītu RNS, RNS, kurai trūkst poli (A) astes, un RNS, kas satur sekundārās struktūras. Tāpēc izlases grunts neuzrāda šablona specifiskumu, bet oligo dT grunts specifiskumu attiecībā uz eikariotu mRNS, kas satur poli (A) asti.

Atsauce:

1. “Reversās transkripcijas iestatīšana: Thermo Fisher Scientific - ASV”. Reversās transkripcijas iestatīšana Thermo Fisher Scientific - ASV, pieejams šeit.

Attēla pieklājība:

1. Zephyris “Primer RevComp” - Savs darbs (CC BY-SA 3.0), izmantojot Commons Wikimedia
2. Lokeshthimmana “RT PCR Model” - Savs darbs (CC BY-SA 4.0), izmantojot Commons Wikimedia