Atšķirība starp SYBR Green un Taqman

Galvenā atšķirība - SYBR Green vs Taqman
 

SYBR Green un Taqman ir divas metodes, ko izmanto, lai noteiktu vai skatītu reālā laika PCR pastiprināšanas procesu. SYBR Green ir metode, kas balstās uz nukleīnskābju krāsošanas krāsošanu, bet Taqman ir uz hidrolīzes zondes balstīta metode. Abas tehnoloģijas ir paredzētas fluorescences ģenerēšanai PCR laikā, kas ļauj reālā laika PCR mašīnai novērot reakciju “reālā laikā”. SYBR Green metodi veic, izmantojot fluorescējošu krāsu, ko sauc par SYBR green, un nosaka amplifikāciju, saistot krāsu ar iegūto divpavedienu DNS. Taqman veic, izmantojot divkārši iezīmētas zondes, un nosaka amplifikāciju, zondei noārdoties ar Taq polimerāzi, un fluorofora izdalījumus.. Šī ir galvenā atšķirība starp SYBR Green un Taqman.

SATURS
1. Pārskats un galvenās atšķirības
2. Kas ir SYBR Green
3. Kas ir Taqman
4. Salīdzinājums blakus - SYBR Green vs Taqman
5. Kopsavilkums

Kas ir SYBR Green?

SYBR Green ir fluorescējoša krāsa, ko izmanto nukleīnskābju, it īpaši divpavedienu DNS, iekrāsošanai molekulārajā bioloģijā. SYBR Green metodi izmanto, lai kvantitatīvi noteiktu PĶR produktus reālā laika PĶR laikā. Tiklīdz tas saistās ar DNS, iegūtais DNS krāsvielu komplekss absorbē zilo gaismu un izstaro intensīvu zaļo gaismu. Tas notiek strukturālo izmaiņu dēļ, kas notiek krāsvielas molekulā, saistoties ar divpavedienu DNS. Kad PCR rada arvien vairāk DNS, vairāk krāsvielu molekulu saistās ar DNS, radot lielāku fluorescenci. Tāpēc fluorescence palielinās līdz ar PCR produkta uzkrāšanos. Tādējādi PCR produkta daudzumu var kvantitatīvi izmērīt, izmantojot SYBR Green fluorescences noteikšanu.

SYBR zaļo krāsu var izmantot arī DNS marķēšanai citometrijā un fluorescējošā mikroskopijā. Etidija bromīdu veiksmīgi aizstāja ar SYBR Green, jo etiīdija bromīds ir kancerogēna krāsa ar iznīcināšanas problēmām DNS vizualizācijas laikā gēla elektroforēzē.

Ir SYBR zaļās metodes priekšrocības un trūkumi. Šī metode ir ļoti jutīga, lēta un viegli lietojama. Tomēr, ņemot vērā spēju saistīties ar jebkuru divpavedienu DNS, nespecifiska saistīšanās var izraisīt PCR produkta pārmērīgu kvantitatīvu noteikšanu.

01. attēls: SYBR zaļā tehnika

Kas ir Taqman?

Taqman ir alternatīva metode SYBR Green, lai uzraudzītu reālā laika PCR procesu. Šī metode ir atkarīga no Taq polimerāzes enzīma 5 '- 3' eksonukleāzes aktivitātes, lai noārdītu zondes jaunās virknes pagarināšanas un fluorofora izdalīšanās laikā. Šajā metodē izmanto divkārši iezīmētas zondes, un tās pamatā ir zondu hidrolīze. Zondes ir ar fluorescējoši marķētiem DNS oligonukleotīdiem, kuru 5 'galā ir fluorescējoša reportiera molekula (fluorofors), bet 3' galā - slāpētāja molekula. Tie ir izstrādāti, lai saistītos ar vienpavedienu veidni grunts griezuma pretējā pusē. Taq polimerāze pievieno nukleotīdus gruntim un paplašina jauno virkni pret divkārši iezīmētajām zondēm. Tiklīdz Taq polimerāze sastopas ar zondi, Taq polimerāzes eksonukleāzes darbība aktivizē un noārda zondi. Tiklīdz tā ir pabeigusi jaunās virknes sintēzi, zonde tiek pilnībā noārdīta un atbrīvojas no fluorofora. Fluorofora izdalīšanās rada fluorescenci. Fluorescējošā slāpētāja molekula efektīvi slāpē izstaroto gaismu un rada izeju PCR produkta kvantitatīvai noteikšanai. Fluoroforu izdalīšanās un PCR produktu daudzums ir proporcionāls. Tādējādi kvantitatīvo noteikšanu var viegli veikt ar Taqman metodi.

02 attēls: Taqman metode

Taqman metodi izmanto reālā laika PCR, gēnu ekspresijas kvantitatīvai noteikšanai, ģenētisko polimorfismu noteikšanai, hromosomu DNS deleīciju kvantitatīvai noteikšanai, baktēriju identificēšanai, mikromateriāla analīzes pārbaudei, SNP genotipēšanai utt..

Kāda ir atšķirība starp zaļo SYBR un Taqman?

SYBR Green vs Taqman
SYBR Green pamatā ir DNS saistoša krāsa.	Taqman ir atkarīgs no hibridizācijas zondēm un Taq polimerāzes 5 'līdz 3' eksonukleāzes aktivitātes.
Fluorescējoši marķētas zondes
Fluorescējoši iezīmētas zondes nav vajadzīgas.	Nepieciešamas divkāršās pazīmes.
Multipleksu gēnu analīze
To nevar izmantot daudzkārtējiem gēnu mērķiem.	To var izmantot daudzkārtējiem gēnu mērķiem.
Izmaksas
Tas ir lētāk.	Tas ir dārgāk.
Specifiskums
Tas ir mazāk specifisks un saistās ar jebkuru divvirzienu DNS	Tie ir ļoti specifiski, jo zondes nosaka specifiskos pastiprināšanas produktus.
Efektivitāte
Tas ir mazāk efektīvi.	Tas ir ļoti efektīvs.
Pieteikums
To izmanto reālā laika PCR, agarozes gēla vizualizācijā, DNS marķēšanā utt.	To izmanto reālā laika PCR, gēnu ekspresijas kvantitatīvai noteikšanai, ģenētisko polimorfismu noteikšanai utt.

Kopsavilkums - SYBR Green un Taqman

Taqman un SYBR green ir divas metodes, ko izmanto reālā laika PCR (kvantitatīvā PCR). Abas metodes ļauj efektīvi kvantitatīvi noteikt PCR produktu un paļauties uz fluorescences emisiju. Taqman metode uzkrāto DNS noteikšanai izmanto divkārši iezīmētas zondes, savukārt SYBR Green metode izmanto fluorescējošu krāsu. Abas šīs metodes molekulārajā bioloģijā ir atšķirīgas.

Atsauce:
1. Tajadini, Mohamad Hasan, Mojtaba Panjehpour un Shaghayegh Haghjooy Javanmard. “SYBR Green un TaqMan metožu salīdzinājums četru adenozīna receptoru apakštipu kvantitatīvā reāllaika polimerāzes ķēdes reakcijas analīzē.” Uzlaboti biomedicīnas pētījumi. Medknow Publications & Media Pvt Ltd, 2014. Tīmeklis. 2017. gada 13. marts.
2. “Reālā laika PCR pamatprincipi.” Reālā laika PCR, kvantitatīvs (qPCR), grunti un Mastermix: Primerdesign Ltd. N.p., n.d. Web. 2017. gada 13. marts.
3. “SYBR zaļās un citas reāllaika PCR krāsas”. Biocompare. N.p., 2010. gada 5. aprīlis. Web. 2017. gada 14. marts

Attēla pieklājība:
1. “PCR ar SYBR zaļu” Autors -Ygonaar 23:09, 2006. gada 7. martā (UTC) - Tā ir diagramma, ko Ygonaar izveidojis ar Power point, CC BY-SA 3.0, https://commons.wikimedia.org/w/ indekss.php? curid = 619528
2. Lietotājs “Taqman”: Braindamaged - Savs darbs (publiskais īpašums), izmantojot Commons Wikimedia