Atšķirība starp visa genoma secību un eksomu secību

galvenā atšķirība starp visa genoma secību un eksoma secību ir tā, ka visa genoma sekvencēšana sekvencē visu organisma genomu, savukārt eksomu sekvencēšana sekvencē satur tikai organisma eksomu vai olbaltumvielas kodējošos gēnus.

Secība ir paņēmiens, kas nosaka precīzu nukleotīdu secību noteiktā DNS molekulā. Tas tikai atspoguļo pareizo četru bāzu secību; adenīns (A), guanīns (G), citozīns (C) un timīns (T) DNS fragmentā. Ir vairākas sekvencēšanas metodes, piemēram, Sangera sekvencēšana, nākamās paaudzes sekvencēšana utt. Turklāt sekvencēšanu var veikt vai nu pilnā organisma genomā (visa genoma sekvencēšana), vai arī tikai proteīna kodēšanas gēnos genomā (eksoma sekvencēšana)..

SATURS

1. Pārskats un galvenās atšķirības
2. Kas ir visa genoma secība
3. Kas ir Exome secība?
4. Līdzības starp visa genoma secību un eksomu secību
5. Salīdzinājums blakus - visa genoma secība vs Exome secība tabulas veidā
6. Kopsavilkums

Kas ir visa genoma secība?

Cilvēka genomā ir gandrīz trīs miljardi bāzes pāru DNS. Visa genoma sekvencēšana ir metode, kas sekvenē visu organisma genomu. Tāpēc, veicot visa genoma secību, tiek apsvērta visa DNS molekulu kolekcija, ieskaitot eksomus, intronus, intergēnas telpas utt. Turklāt visā genoma sekvencēšanas secībā ir ne tikai genoms, kas atrodas kodolā, bet arī mitohondriju DNS, kā arī.

01. attēls. Visa genoma secība

Gatavojoties šai secībai, pirmais solis ir visas DNS ekstrahēšana. Pēc tam ekstrahētajai DNS veic sekvencēšanas procedūru, izmantojot piemērotu sekvencēšanas metodi. Analizējot iegūtās secības, izmantojot bioinformātikas rīku, mēs varam uzzināt retas slimības, vēzi, infekcijas slimības utt..

Kas ir Exome secība??

Exome ir genoma daļa, kurā ir apmēram 1,5% genoma, un tā ir eksonu kolekcija. Eksoni ir secības, kuras pārraksta mRNS un pēc tam olbaltumvielu galaproduktā. Tādējādi eksoma sekvencēšana sekmē visas olbaltumvielas kodējošās sekvences genomā. Exome secība atklāj ģenētiskos traucējumus, jo lielākā daļa ģenētisko traucējumu rodas olbaltumvielu kodējošo gēnu mutāciju dēļ. Tādējādi ģenētisko traucējumu diagnostikas procesos bieži tiek izmantota eksome sekvencēšana kā metode slimības diagnosticēšanai. Turklāt, salīdzinot ar visu genoma sekvencēšanas lietojumu ģenētiskai pārbaudei, eksoma sekvencēšana prasa mazāk laika un ir lētāka..

02. Attēls. Exome secība

Exome sekvencēšanā, pirmkārt, no kopējās DNS ir jāizvēlas tikai olbaltumvielas kodējošās secības. Ņemiet vērā, ka cilvēkiem ir aptuveni 180000 olbaltumvielu kodējošu secību. Pēc tam eksoms tiek sekvenēts, izmantojot augstas caurlaides spējas sekvencēšanas metodi.

Kādas ir līdzības starp visa genoma secību un eksomu secību?

• Visa genoma secība un eksemplāru secība ir divi secības pielietojumi.
• Abas metodes ir noderīgas, lai abās metodēs noteiktu pareizu nukleotīdu secības secību.
• Arī bioinformātika palīdz analizēt datus abās metodēs.

Kāda ir atšķirība starp visa genoma secību un eksomu secību?

Vesela genoma sekvencēšana sekmē visu organisma genoma DNS, savukārt eksoma sekvencēšana sekvencē satur tikai olbaltumvielas, kas kodē genomu. Tāpēc šī ir būtiska atšķirība starp visa genoma sekvencēšanu un eksoma sekvencēšanu. Lai arī abas metodes plaši izmanto, lai noteiktu pareizu nukleotīdu secības secību, visa genoma sekvencēšana ir dārga un laikietilpīga nekā eksoma sekvencēšana.

Zemāk esošajā infogrāfijas tabulā parādīta atšķirība starp visa genoma secību un eksoma secību.

Kopsavilkums - visa genoma sekvencēšana vs Exome sekvencēšana

Sekvenēšana atklāj precīzu bāzu secību DNS fragmentā, un tā var būt gan visa genoma sekvencēšana, gan eksoma sekvencēšana. Šeit visa genoma sekvencēšana sekmē visu organisma genomu, savukārt eksomu sekvencēšana sekvencē satur tikai olbaltumvielas kodējošās sekvences. Ņemot vērā to pielietojumu, visa genoma sekvencēšana ir noderīga, analizējot ģenētiskās aberācijas, piemēram, viena nukleotīda variācijas, dzēšanas, ievietošanas utt., Visā genomā, savukārt eksoma sekvencēšana ir noderīga ģenētisko slimību noteikšanā. Tāpēc šī ir atšķirība starp visa genoma sekvencēšanu un eksoma sekvencēšanu.

Atsauce:

1. “Pilna genoma secība salīdzinājumā ar visa eksoma sekvencēšanu salīdzinājumā ar mērķtiecīgu sekvencēšanas paneļiem.” Healio, SLACK Iekļauts. Pieejams šeit  
2. “Kas ir visa eksoma secība un visa genoma secība? - Ģenētikas mājas atsauce - NIH. ” ASV Nacionālā medicīnas bibliotēka, Nacionālie veselības institūti. Pieejams šeit  

Attēla pieklājība:

1. “Visa genoma bise sekvencēšana salīdzinājumā ar hierarhisko bise pistole sekvencēšana. Autori: Commins, J., Toft, C., Fares, M. A. -“ Skaitļojošās bioloģijas metodes un to piemērošana kukaiņu endocelulāro simbiotisko baktēriju salīdzinošajā genomikā. ” (CC BY-SA 2.5), izmantojot Commons Wikimedia  
2. SarahKusala - “Exome Sequencing Workflow 1a” - Savs darbs, (CC BY 3.0), izmantojot Commons Wikimedia